Kalksteen is een afzettingsgesteente dat ontstaat op een zeebodem uit in het water levende organismen. Veel van die levende wezens bezitten een omhulsel of skelet van kalk. De mineralen waaruit deze skeletten bestaan zijn door de organismen opgenomen uit het water. Bij het afsterven van deze koralen, kalkal gen en schelpdieren vallen de skeletjes op de zeebodem en vormen daar een afzetting van kalkslib. Na verharding (ver kitting) van dit slib ontstaat kalksteen, waarin veel diersoorten die in de desbetreffende zee geleefd hebben als fossielen terug zijn te vinden. Overal in de Jura (en in de kalksteengebieden van de Alpen, zoals in Berner Oberland) kunt u de fossiele overblijfselen van planten en dieren vinden die miljoenen jaren geleden leefden: in kalksteengroeven, in ontsluitingen voor wegenbouw, op storthopen en langs beken en wandelpaden.

Kalksteen kan veel verschillende kleuren krijgen, doordat het vaak de kleur aanneemt van andere mineralen die gelijktijdig neerslaan. In het kalksteen ontstaan allerlei karstverschijnselen, zoals grotten (waaronder druipsteengrotten), kloven, gaten en inzinkingen. Al deze oplossingsverschijnselen zijn ontstaan door water. Kalkgesteenten zijn uit lagen opgebouwd en vertonen vaak scheuren en breuken. De karstverschijnselen in dit gesteente kunnen ontstaan doordat regen en rivierwater langs de scheuren en breuken in het gesteente naar beneden sijpelt en de kalk oplost.

Toen de Euraziatische plaat en de Afrikaanse plaat tegen elkaar begonnen te drukken, begon ook dit gebied zich boven de waterspiegel te verheffen: het zuidwestelijke deel van de Jura werd het sterkst geplooid; het noordoostelijke deel werd slechts opgeheven en kreeg zijn bergachtig aanzien door het insnijden van beken en rivieren. De gemiddelde hoogte van het middelhoge Jura gebergte ligt tussen de 700 m en 1600 m; de hoogste top is de Mont Tendre (1679 m).

Het uiterlijk van de Jura wordt bepaald door langgerekte, parallel lopende ketens en dalen, onderbroken door dwarsdalen.