Op 8 augustus 2001 werd de 41-jarige vicepresident Jorge Quiroga ingezworen als president ter vervanging van de aan kanker leidende Hugo Banzer (hij overleed in mei 2002). Quiroga ging, onder hevige protesten, verder met de uitroeiing van de cocabladeren.

Goni herkozen (2002-2003)

Tijdens de verkiezingen in 2002 ging de strijd tussen de voormalige ‘cocaboer’ en indianenleider Evo Morales van de politieke partij MAS (Movimiento al Socialismo) en de voormalige president Gonzalo (‘Goni’) Sánchez de Lozada. Tijdens het tellen van de stemmen viel op mysterieuze wijze de stroom uit in het gebouw. Toen de stroom terugkwam bleek dat Goni met slechts 1,6% meer stemmen de winnaar was! In zijn tweede mandaat ging Goni voort met zijn neoliberale politiek en zijn programma ‘uitroeiing van de cocabladeren’. In februari 2003 werd een progressieve inkomstenbelasting geheven, die kon oplopen tot 12,5%, waarmee de regering het enorme begrotingstekort wilde bekostigen. Dit werd niet geaccepteerd door de bevolking en op 12 en 13 februari braken grote onlusten uit rond La Paz tussen demonstranten, stakende politieagenten en soldaten waarbij 33 doden en 200 gewonden vielen.

Gasoorlog (2003)

Een plan dat zesmiljard dollar zou kosten en dat bestond uit een gasleiding die verbinding zou leggen tussen de natuurlijke gasreserves in het departement Tarija en de kust van Chili (en verder naar Mexico en Verenigde Staten) was de reden van de zogenaamde gasoorlog. De oppositieleider Evo Morales was van mening dat de natuurlijke rijkdommen van Bolivia niet, zoals gedurende de gehele geschiedenis van Bolivia gebeurde, geëxploiteerd zou worden door buitenlanders, maar dat ditmaal Bolivia zelf moesten gaan profiteren van hun natuurlijke rijkdommen en niet de buitenlanders. Nadat de regering definitief verklaarde de gasleiding te gaan bouwen braken op 19 september 2003 stakingen en wegblokkades uit, onder meer georganiseerd door Goni’s grote rivaal Evo Morales en de vertegenwoordiger van de campesinos (boeren) de Aymara Felipe Quispe. Het zwaartepunt van de stakingen lag vooral rond het Titicacameer, en rond La Paz en Cochabamba. Er volgde een spectaculaire luchtaanval van het leger op de wegblokkades op de Altiplano waarbij zes doden vielen, onder wie een kind. Tijdens deze actie werden buitenlandse toeristen geëvacueerd die in het dorp Sorata al vijf dagen vastzaten. Deze voorvallen leidden tot een grote volkswoede en op 29 september brak een algemene landelijke staking uit, die het hele land paralyseerde. Op 13 oktober 2003 bood Goni een terugtrekking van zijn plan aan maar het was te laat. De protesterende bevolking wilde enkel nog maar zijn vertrek zien, hetgeen gebeurde op 17 oktober 2003, nadat bij de strijd tussen legereenheden en demonstranten 80 doden waren gevallen. Sánchez vluchtte naar de VS om gerechtelijke vervolging, waaronder rassenmoord, te ontlopen.

Carlos Mesa (2003-2005)

Goni’s vice-president Carlos Mesa, een journalist en historicus, die zich vanwege het geweld een week eerder gedistantieerd had van de regering van Sánchez de Gonzales, nam het presidentschap in oktober over met de belofte om met antwoorden te komen op de diverse eisen van de bevolking. De regering van Mesa bleef echter geconfronteerd met landelijke onrust. Prijsstijging van benzine leidde tot antiregeringsprotesten en wegblokkades in Santa Cruz en El Alto. Bovendien doemde een nieuw probleem voor Mesa en heel Bolivia op; de regionale leiders van het rijkere departement Santa Cruz (geschat wordt dat 33% van het BNP gegenereerd wordt in Santa Cruz) eisten regionale autonomie op. Deze beweging verspreidde zich ook naar andere departementen, onder andere naar Tarija waar zich de natuurlijke gasvelden bevinden. In juni 2005 droeg Mesa het presidentschap over aan de president van het hooggerechtshof Eduardo Rodriguez na hoog opgelopen politieke spanningen betreffende het beheer van energiebronnen en een hervorming van de constitutie die meer rechten gaf aan de indígenas. Eduardo Rodriguez zou zes maanden interim-president zijn.

Het tijdperk Evo Morales (2005-heden)

Tijdens de verkiezingen van december 2005 won Evo Morales overduidelijk met 54% van de stemmen en werd hiermee de eerste indígena president in de geschiedenis van Bolivia. Op 1 mei verklaarde Morales de nationalisatie van alle energiebedrijven in Bolivia. Buitenlandse bedrijven, waaronder Petrobras (Brazilië), het Spaans-Argentijnse bedrijf Repsol YPF, British Gas en British Petroleum, Frankrijks Total, en de VS Exxon Mobil Corporation kregen 6 maanden de tijd zich aan te passen aan de nieuwe situatie en hun contracten te herzien. Het plan is dat het Boliviaanse staatsbedrijf YPFB (Yacimientos Petroliferos Fiscales Bolivianos) 51% van het kapitaal krijgt. YPFB zal zorgdragen voor de exploitatie en 82% van de opbrengsten gaat naar de staat en 18% gaat naar de oliemaatschappijen. Evo sprak hierna het volgende uit: ‘het is afgelopen met het leegroven van onze (Boliviaanse) natuurlijke rijkdommen door buitenlanders’. De nationalisering van de binnenlandse energiebronnen vond eerder plaats in 1937 en 1969.