De Roma vormen geen homogene groep. De oudste groep, die ongeveer zes eeuwen in het gebied woont, is moslim. Ook de Roma die enkele tientallen jaren geleden uit Kosovo kwamen hangen de islam aan. Vóór de Tweede Wereldoorlog zijn veel Roma uit Servië gekomen. Zij spreken een sterk door het Roemeens beïnvloed dialect van het Romani en hangen het orthodox-christelijke geloof aan. Door de overduidelijke problemen tussen de Slavische bevolkingsgroepen werden de Roma lange tijd door de internationale gemeenschap veronachtzaamd. Nu is er meer aandacht, maar ze worden nog steeds gediscrimineerd en leven vaak onder erbarmelijke omstandigheden.

Bosnië-Herzegovina heeft ook een joodse gemeenschap. Aan het eind van de middeleewen kwamen joden uit Midden- en Oost-Europa naar de Balkan, omdat ze er relatief veilig konden leven onder de Osmaanse overheersing. Anderen kwamen uit Spanje waaruit ze middels het verdrijvingsedict van 1492 waren verbannen. Joden speelden tot de Tweede Wereldoorlog een grote rol in het maatschappelijk leven. Slechts één tiende van hen overleefde die oorlog: de grote meerderheid werd gedeporteerd naar vernietigingskampen en vermoord. Nu leven er nog maar ongeveer duizend joden in Bosnië-Herzegovina. De leiders van hun gemeenschap spelen – als relatieve buitenstaanders – een belangrijke verzoenende rol. Ten slotte leeft er een kleine groep protestantse christenen in Bosnië-Herzegovina.