Achtereenvolgens kwamen op die manier de sultanaten Perak, Selangor en Negeri Sembilan onder Brits bestuur. Dit systeem werd indirect rule genoemd. Het concept was als volgt: de buitenlandse politiek en de defensie kwamen in handen van de Britten, interne aangelegenheden, vooral betreffende de islamitische religie en de adat (het traditionele gewoonterecht), vielen onder de supervisie van de sultan. In 1896 werd de Maleise Federatie gesticht, (The Confederated Malay States) met als hoofdstad Kuala Lumpur. In 1909 kwamen de noordelijke staten Kedah, Kelantan, Perlis en Terenganau, die formeel schatplichtig waren aan de koning van Siam (nu Thailand), onder Brits gezag. In 1914 sloot het sultanaat Johor zich bij hen aan en aldus werden de niet-gefedereerde Maleise staten (The Unfederated Malay States) gevormd.

De opkomst van de automobiel had grote gevolgen voor het Maleisisch schiereiland. Auto’s hebben banden nodig en dus werd een deel van de primaire wouden gekapt en vervangen door rubberbomen (Hevea brasiliensis). Deze rubberplantages werden een groot succes. De halve wereldproductie kwam destijds uit Maleisië. Een ander belangrijk handelsgewas werden oliepalmen. In de Cameron Highlands kwamen theeplantages. Het gevolg van deze snelle ontwikkelingen was dat men arbeidskrachten tekort kwam. De Britse koloniale overheid importeerde contractarbeiders uit India (voornamelijk Tamils uit het zuiden) om op de plantages te werken. Uit China kwamen de arbeiders voor de tinmijnen. Deze ontwikkelingen hebben tot op de dag van vandaag gevolgen voor de etnische samenstelling van de bevolking, die ingedeeld kan worden in de hoofdgroepen Maleiers, Chinezen en Indiërs.

Nadat het Britse gezag zich stevig gevestigd had, kabbelde het leven rustig voort. Iedereen had zijn plaats in de samenleving. De Maleiers woonden op het platteland in hun kampongs (dorpen) en hielden zich bezig met landbouw, de Chinezen werkten in de mijnindustrie of zaten in de handel, de Indiërs werkten op de plantages en de Britten deelden de lakens uit, bijgestaan door de Maleise aristocratie.