De Alawitische heerser Moulay Mohammed (1635-1664) kreeg de Sahararoute in handen en handelde met Europese kooplieden. Zijn macht werd betwist door zijn jongere broer Moulay Rachid (1664-1672), die in 1664 de macht greep en als stichter van de Alawitische dynastie wordt gezien. Hij wist zijn invloed te vergroten door verschillende steden in te nemen en het hele land onder controle te krijgen.

Hier profiteerde zijn opvolger en halfbroer Moulay Ismaïl (1672-1727) van onder wiens leiding Marokko een bloeitijd doormaakte. Hij koos Meknès als nieuwe hoofdstad die hij met vele mooie gebouwen opsierde om er een ‘Versailles’ van Marokko van te maken. Hij stichtte een goed georganiseerd leger, de abied, dat gevormd werd door slaven uit zwart Afrika.

De eerste twintig jaar was hij bezig de Imazighen (Berber) stammen en zawia’s (broederschappen) te bedwingen. De Engelsen en de Spanjaarden wist hij te verdrijven. Zijn invloed reikte tot in Timboektoe en Senegal. Hij kreeg de kaapvaart in Rabat-Salé onder controle en profiteerde van de winsten. De handel met Europa bloeide en verschillende steden hadden Europese handelshuizen. Er waren dan ook regelmatige contacten met de Republiek der Nederlanden. Door allerlei verdragen kreeg Engeland vanaf het begin van de 18e eeuw steeds meer invloed in Marokko.

Toen Moulay Ismaïl in 1727 overleed, veroorzaakte de abied, het beroepsleger van zwarte slaven, anarchie in het land. Tussen 1712 en 1757 ontstond enorm geharrewar tussen zonen en kleinzonen rond de troonopvolging, maar volhouder Moulay Abdallah wist uiteindelijk de macht naar zich toe te trekken. Hij kreeg hulp van de stammen uit het zuiden om tegen de abied te vechten. Inmiddels was er een grote migratie ontstaan vanuit de berggebieden van de Rif en de Atlas naar de Atlantische kustvlaktes.

In 1757 volgde Sidi Mohammed (tot 1790) zijn vader op en herstelde de rust en orde in het land door met lokale leiders te onderhandelen. Hij wilde nieuwe havens langs de Atlantische kust aanleggen om douanerechten te vergaren en stichtte in 1765 Essaouira als eindpunt van de karavaanroutes uit de Sahara. Met diverse landen sloot hij vredesverdragen waarbij geschenken verwacht werden. Tussen 1775 en 1777 kreeg de Marokkaanse vloot het met de Nederlandse aan de stok en vervielen de geschenken bij het sluiten van een nieuw verdrag.

Bij de dood van Sidi Mohammed in 1790 ontstonden opnieuw opvolgingsproblemen. De nieuwe heerser Moulay Yazied behandelde de Joden en de kooplieden slecht, zodat zijn bewind maar tot 1792 duurde. Daarna kwam een machtsvacuüm dat tot 1798 stand hield, waarbij het land verdeeld was en er chaos heerste. In 1792 was Moulay Sliman aan de macht gekomen Deze religieuze heerser herstelde de rust en in 1797 kwam Marrakech onder zijn bewind, zodat het land weer een geheel geworden was. In Europa waren er diverse oorlogen waardoor de handel met Marokko terugliep.

Tussen 1797 en 1800 brak er een pestepidemie uit en in 1814 kwam er een verbod op de uitvoer van diverse producten evenals een beperking van de import. Marokko sloot zich af van de wereld. In 1812 was er een sprinkhanenplaag en daarna drie jaar droogte, zodat er hongersnood ontstond. Verschillende Amazigh (Berber) stammen raakten slaags met elkaar. Ook begonnen de religieuze broederschappen zich te roeren, waardoor er onrust ontstond. Uiteindelijk moest Moulay Slimaan in 1822 aftreden en kwam Moulay Aberrahman, een neef, aan de macht. Hij herstelde de rust door te onderhandelen met de broederschappen en de verdeel-en-heerspolitiek toe te passen.

De Europese mogendheden begonnen steeds meer macht in de wereld te krijgen vooral op het Afrikaanse continent. In 1830 veroverde Frankrijk Algerije. De emir van Algerije verklaarde de heilige oorlog tegen de Fransen en deed daarbij een beroep op de sultan van Marokko. Bij de slag bij Isly, ten zuiden van Oujda, werd Marokko in 1844 verpletterend door de Fransen verslagen. Er werd een nieuwe noordelijke grens tussen Marokko en Algerije vastgesteld. De opvolgers van Moulay Aberrahman, Mohammed IV en Moulay Hassan kregen steeds meer te maken met de Engelse, Franse en Spaanse invloed. De Spanjaarden veroverden in 1860 Tetouan. Na de opening van het Suezkanaal in 1872 was Marokko van strategische invloed geworden. De Engelsen bewaakten de Straat van Gibraltar die voor de internationale scheepvaart zeer belangrijk was geworden.

Moulay Hassan (1873-1894) heeft geprobeerd de Europese invloed af te remmen door de Verenigde Staten als beschermer in te schakelen. Dat heeft niet mogen baten; internationaal was de positie van Marokko zeer zwak geworden.