Slechts ten dele profiteerden de boeren daarvan. Kimberley, een stad op de grens van de Kaapkolonie en Oranje Vrijstaat, werd het hart van alles wat met de diamantwinning te maken had. Als gevolg van de vele twisten tussen het Zoeloevolk en de nadelige effecten die dat had op de Boeren in Transvaal, zag Engeland zijn kans schoon om het gebied dat economisch wel eens zeer belangrijk zou kunnen zijn, te annexeren. Dat gebeurde op 12 april 1877 en de Boeren konden het alleen maar over zich laten komen. Het was echter tegen het convenant waarin de Engelsen in 1854 de vrijheid van de Boerenstaten garandeerden.

De Boeren sloegen de handen ineen en formeerden, onder leiding van Paul Kruger (1825-1904), een vrijheidsstrijd. Vanwege de grote belangen die de Boeren in het gebied hadden streden ze voor wat ze waard waren en slaagden er zelfs in om de Engelsen te verslaan. In 1881 werd Transvaal opnieuw een Boerenrepubliek. Paul Kruger werd de eerste president.

NB. 'Alles sal reg kom'. Deze uitspraak wordt toegeschreven aan Paul Kruger, maar is van Johannes Henricus Brand (1823-1888), de vierde staatspresident van de Oranje Vrijstaat, deel van de voorloper van het tegenwoordige Zuid-Afrika), van 1864 tot aan zijn overlijden in 1888. Overigens is deze bekende uitspraak enigszins verkort de geschiedenis in gegaan Hij luidt voluit: 'Alles sal reg kom as ons almal ons plig doen'.

In 1886 werd in Transvaal goud ontdekt en dat leidde tot nieuwe problemen. Het was opnieuw Cecil Rhodes die een sleutelrol vervulde. Hij was daarmee behoorlijk op weg om zijn droom: Britse zeggenschap van de Kaap tot aan Caïro, te verwezenlijken. Het zelfstandige Transvaal zat hem daarbij danig in de weg. Hij kocht van koning Matabele, die regeerde ten noorden van Transvaal, de exclusieve rechten tot exploitatie van dat gebied. Rhodes drong met zijn leger, voor de samenstelling waarvan hij toestemming had gekregen van de Britse overheid om zijn gebied te beschermen, na de goudvondst, in 1890 opnieuw Transvaal binnen, het enige gebied dat zijn droom nog in de weg stond.

Hij poogde een verbond met de Boeren te sluiten waarbij Transvaal als een soort autonome provincie van Rhodesië zou fungeren. De Boeren wilden hun soevereiniteit echter niet opgeven en het verbond kwam er dus niet. In 1895 ondernam Rhodes een nieuwe poging om Transvaal te onderwerpen. Ditmaal huurde hij daarvoor een legertje van Leander Starr Jameson in, een van de Britse koloniale gezagshebbers. Hij ging ervan uit dat alles wat geen Boer was in Transvaal zich bij hen zou aansluiten. Dat was een misrekening en Jameson werd al snel verslagen. De schermutselingen gingen de geschiedenis in als de Jameson Raid. Naar aanleiding ervan werd Jameson door Engeland gestraft en aan Rhodes werd het premierschap over de Kaapkolonie ontnomen. Later werd hij evengoed in de adelstand verheven.

Ook zijn opvolger, Alfred Millner, was ervan overtuigd dat Transvaal en de Kaapkolonie één gebied zouden moeten worden en bereidde een oorlog voor tegen de Boerenrepubliek. In het geheim liet hij 10.000 goed getrainde Britse soldaten naar Natal overbrengen, maar begon tegelijkertijd onderhandelingen met Paul Kruger in de wetenschap dat deze de zelfstandigheid van Transvaal nooit vrijwillig op zou geven. Het ultimatum van Paul Kruger dat alle Britten binnen 48 uur Transvaal moesten verlaten werd afgewezen en de Tweede Boerenoorlog was op 11 oktober 1899 een feit.

Tegen de Britse overmacht waren de Boeren niet opgewassen en de strijders onder Paul Kruger werden snel door de Britse troepen verslagen. Dat was het begin van een drie jaar durende guerrillaoorlog. Ondank het feit dat de Boeren werden voorzien van moderne wapens door Frankrijk en Duitsland en diverse successen boekten, streden ze een ongelijke strijd. De Britten waren in staat om voortdurend nieuwe troepen aan te voeren, niet alleen uit Groot-Brittannië, maar ook uit Nieuw-Zeeland, Canada, en Australië.

In 1900 waren de Britten zo ver in Transvaal doorgedrongen dat de Boeren wel moesten capituleren. Paul Kruger vertrok naar Europa met een Nederlands schip. Iedereen dacht toen dat de oorlog wel afgelopen zou zijn, maar niets was minder waar. Tal van Boeren kwamen in opstand en de Britse troepen zagen alleen maar kans om hun verworven bezit te handhaven door massaal Boeren bezittingen plat te branden en mensen te arresteren. Ook vrouwen en kinderen werden in door hen ingerichte concentratiekampen opgesloten. Naar schatting lieten 20.000 mensen er het leven.

Mede onder druk van de wereldopinie werden in 1902 vredesbesprekingen opgestart welke uiteindelijk leidden tot een vorm van zelfbestuur door de Boeren onder Brits protectoraat waarover een akkoord werd bereikt op 31 mei 1902. Het Verdrag van Vereniging voorzag in een verregaande zelfstandigheid van Oranje Vrijstaat en Transvaal. Er werden grote bedragen aan schadevergoedingen betaald en naast het Engels werd het Nederlands als officiële taal erkend, ook in het onderwijs en bij de rechtspraak. Verder werd bepaald dat slechts de blanke bevolking stemrecht zou krijgen, het begin van de rassenstrijd was een feit.