Het land heeft een voornamelijk tropisch klimaat en kent in de meeste gebieden twee seizoenen. Het droge seizoen (zomer) loopt van november tot en met april en het regenseizoen (winter) van mei tot en met oktober. De warmste maanden zijn maart, april en mei en in het westen is het dan droog en erg heet. De temperatuur ligt in de winter tussen de 27 en 32º?C. In de zomer is dat tussen de 30 en 35º?C. Het orkaanseizoen valt in september en oktober. In de praktijk is de tweedeling in seizoenen niet strikt. In het oosten van het land bijvoorbeeld, is het over het algemeen warmer en vochtiger. Zoals in veel regio’s over de wereld vertoont het klimaat de laatste jaren afwijkende patronen. Mitch is daarvan een goed voorbeeld. Deze orkaan zorgde in 1998 voor een extreem grote regenval. Duizenden mensen in Nicaragua en Honduras kwamen om het leven. Dramatisch was de ramp bij vulkaan Casitas, in het departement Chinandega. De volgelopen krater van de vulkaan kon de zware regenval niet aan en brak voor een deel af. Daarmee kwam een overweldigende modderstroom op gang die de dorpen op de flanken compleet wegvaagde.