Nadat enkele tanks vijandelijkheden hadden uitgewisseld aan de grens en er een paar keer geschoten was, leek de voorzichtige oorlog tussen het Joegoslavische leger en Slovenië toch al snel voorbij. In Kroatië was dat heel anders. Miloševic maakte zich zorgen om de vele Serviërs die op het Kroatische grondgebied woonden en mobiliseerde het Joegoslavische leger. De gewapende gevechten die toen uitbraken mondden uit in een bloedige oorlog. Een ware uittocht van Servische burgers uit Kroatië was het gevolg. Ondertussen had ook Bosnië-Herzegovina besloten zich af te scheiden – tot grote ergernis van Miloševic. Immers, in Bosnië-Herzegovina woonden nog veel meer Serviërs dan in Kroatië. Tussen 1992 en 1995 voerde het Servische leger een oorlog in Bosnië tegen de aanvankelijk provisorische legers van de Bosnische moslims.

De Bosnische Serviërs wachtten niet op Miloševic en organiseerden zichzelf: aan het hoofd van de Servische gemeenschap in Bosnië kwam president Radovan Karadžic te staan, terwijl de voormalige Joegoslavische legerleider Ratko Mladic generaal werd van het Bosnisch-Servische leger. Miloševic was officieel niet betrokken bij deze strijd, maar steunde zowel openlijk als geheim de Servische milities die moordend door de Bosnische bergen trokken. Samen met de Kroatische premier Franjo Tudman besprak hij in het geheim de mogelijkheid om het grondgebied van Bosnië-Herzegovina op te delen tussen Servië en Kroatië. Daar kwam uiteindelijk niets van terecht.

De Bosnische moslims sloegen, hier en daar geholpen door Arabische islamitische hulptroepen, terug. Radovan Karadžic liet er in die tijd geen twijfel over bestaan hoe de toekomst van zijn land er uit zal zien: “Na deze oorlog zal Bosnië niet de doden, maar de levenden tellen”. Samen met zijn generaal Ratko Mladic zou hij later verantwoordelijk worden gehouden voor de slachting van duizenden moslimmannen in de door Dutchbat bewaakte enclave Srebrenica.

In 1995 werd er een einde gemaakt aan de oorlog. In Dayton kwamen de vertegenwoordigers van de strijdende partijen samen en tekenden een vre-desverdrag. Op dat moment hadden de Servische en Bosnisch-Servische autoriteiten onderling weinig contact meer. Miloševic moest niets hebben van de koppige Radovan Karadžic, die op zijn beurt Miloševic bekritiseerde vanwege het gebrek aan hulp. Besloten wordt om Bosnië-Herzegovina op te delen in een Servische deelrepubliek (Republika Srpska) en een Federatie van Bosnische moslims en Kroaten.

Hoewel het Dayton-akkoord de jure een vredesakkoord was, zou de situatie na 1995 nooit echt stabiel worden. De sterke roep van Bosnische Serviërs om zich aan te sluiten bij het huidige buurland Servië, wordt ook nu nog in Belgrado met enthousiasme gehoord. Miloševic bleek ook na 1995 een overlever. Begonnen in 1987 als president van de deelrepubliek en zichzelf aanvankelijk presenterend als een soort nieuwe Tito, was hij in 1995 verworden tot een dictator die zowel zijn eigen Servische bevolking als ook de minderheden onderdrukte. In de tweede helft van de jaren negentig kende Servië allerminst persvrijheid: dissidenten werden monddood gemaakt, opgepakt, vervolgd of geliquideerd. In een merk-waardige politieke coalitie met de partij van Mira Markovic – zijn eigen vrouw, regeerde Miloševic als een despoot. Het rommelde nog steeds in Kosovo, de provincie waar Miloševic zich al in 1989 zo ongeliefd had gemaakt.

De Albanese minderheid eiste onafhankelijkheid zoals de Kroaten en uiteindelijk ook de Bosniërs gekregen hadden. De UÇK, een Kosovaars rebellenleger, verzette zich met guerilla-achtig geweld tegen de Servische overheersing. Miloševic reageerde daarop door zijn leger eropaf te sturen en opnieuw was het land in oorlog. Na de korte strijd in Slovenië, de gewelddadige oorlog in Kroatië en drie jaar van bloedvergieten in Bosnië, was dit de vierde oorlog waar Servië in betrokken raakte. De internationale gemeenschap reageerde ontzet op de etnische zuiveringen die blijkbaar plaatsvonden in Kosovo. Beelden van Albanese families die verdreven werden door het Servische leger gingen de hele wereld over. Moe van een decennium oorlog riepen steeds meer mensen in Europa op tot een collectief en meedogenloos antwoord op Miloševic.

Wat niet veel mensen wisten in die tijd, was dat de Albanees-Kosovaarse UÇK evenmin op weinig zachtzinnige wijze huishield in Servische enclaves. Onderhandelingen die werden gehouden in Rambouillet in Maart 1999 resulteerden in een fiasco. Miloševic weigerde te tekenen voor de autonomie van Kosovo, omdat hij daarmee naar eigen zeggen toegaf aan de “terroristische separatisten” van de UÇK. De NAVO reageerde daarop met een bombardement op Servië en Kosovo, dat ruim drie maanden duurde. De NAVO meende dat deze bombardementen naar eigen zeggen bedoeld waren om de Servische bevolking te beschermen tegen Miloševic. Dit werd ter plaatse niet als zodanig ervaren.

Veel tegenstanders van Miloševic werden prompt weer nationalistisch toen ze merkten dat hun verzet tegen de dictator werd “beloond” met een bombardement. Frappant ook dat de NAVO naast bommen ook kleine briefjes strooide, waarin zij vermeldde dat de bommen niet bedoeld waren om de Servische burgers te benadelen. De jaren ervoor hadden internationaal economische sancties de bevolking echter diep getroffen, zodat er armoede en honger heerste in Servië. De internationale gemeenschap maakte zich zeer ongeliefd bij de Serviërs door deze sancties en bombardementen.

Het oude zeer uit deze periode is nu zeker nog wel merkbaar, wanneer men in Servië de internationale politiek bespreekt. In juni 1999 besloot Miloševic alle Servische troepen uit Kosovo weg te halen en internationaal toezicht toe te staan. Hiermee hielden de bombardementen op en werd Kosovo een protectoraat van de Verenigde Naties. Servië had vanaf dat moment niets meer te zeggen in de provincie. De gehavende reputatie van Miloševic, na vier oorlogen en interne dictatuur, leidde ertoe dat studenten en dissidenten het in 2000 aandurfden om zijn aftreden te eisen. Na een door Miloševic vervalste verkiezingsuitslag, trokken de tegenstanders van het “oude” regime naar het presidentieel paleis in Belgrado.

Verrassend genoeg schaarde ook een deel van Miloševic’ milities en politie zich onder de verbeten schreeuwende bevolking. Het paleis werd bestormd, studenten trokken de stoelen uit het parlement en de revolutie was een feit. Tien jaar na de val van het communisme en de omverwerping van het moorddadige regime van Ceausescu in Roemenië, volgde ook Servië. Miloševic werd afgezet in oktober 2000 en droeg zijn functie over aan de oppositieleider Vojislav Kostunica. In 2001 stuurde Kostunica Miloševic, op de dag dat Servië de Slag op het Merelveld herdacht, in een helikopter naar het Internationaal Gerechtshof in Den Haag waar hij zijn proces kon afwachten. Miloševic werd aangeklaagd voor oorlogsmisdaden en misdaden tegen de menselijkheid.

Vijf jaar na zijn arrestatie werd Miloševic dood gevonden in zijn cel in de Scheveningse gevangenis. Dit leidde meteen tot allerlei speculaties over moord of zelfmoord, maar volgens het officiële verhaal is Miloševic aan een hartinfarct gestorven. Wel werd er een stof in zijn lichaam gevonden die de werking van zijn medicijnen tegen een te hoge bloeddruk neutraliseerde. Vermoed wordt dat Miloševic deze stof (rifampicine) zelf slikte om behandeling in een kliniek in Moskou af te dwingen.