Het uitschrijven van verkiezingen lag weliswaar voor de hand, maar de voorbereidingen daarvoor zouden veel tijd vergen. De eens zo strak georganiseerde Ugandese administratie was veranderd in een chaos, tienduizenden mensen waren verdwenen, gevlucht of vermoord. Nadat een tweetal aangestelde presidenten, Lulu en Binaisa, binnen korte tijd hun onkunde bewezen hadden, besloot men tot een tweehoofdig presidentschap. David Oyite-Ojok en Paolo Muwanga slaagden er ten slotte in, door inspanning van hun gezamenlijke krachten, om in december 1980 algemene verkiezingen te doen plaatsvinden. De belangrijkste deelnemende partijen waren de UPC, nog steeds geleid door Milton Obote, de DP onder aanvoering van Paul Ssemogerere en een nieuwe partij onder leiding van Yoweri Museveni, de UPM (Uganda Patriotic Movement).

Al snel werd duidelijk dat de DP een klinkende overwinning zou gaan halen. Halverwege de verkiezingen bleek al dat de partij van Ssemogerere op een absolute meerderheid kon rekenen. Het volk was Obote nog niet vergeten, Museveni en zijn partij waren onbekenden. De organisatoren van de verkiezingen Oyite-Ojok en Muwanga, beiden sympathisanten van de UPC, verklaarden echter dat de verkiezingsuitslag pas geldig zou zijn nadat deze door hen zou zijn gecontroleerd. Het bracht een geweldige opschudding teweeg dat hun ‘controle’ uitwees dat niet de DP, maar de UPC een geweldige overwinning behaald had. De UPC zou met liefst 23 zetels meer dan de DP in het parlement komen. Om nieuwe onlusten en bloedvergieten te voorkomen, besloot de DP zich bij de uitslag neer te leggen en Obote werd in 1981 opnieuw president. Museveni, die uiteindelijk maar over één zetel zou gaan beschikken, verklaarde openlijk dat er met de uitslag geknoeid was en waarschuwde Uganda en de wereld voor een tweede Obote-periode.

Museveni richtte in 1982 een nieuwe organisatie op: de NRM (National Resistance Movement), kortweg ‘movement’ genoemd en recruteerde een klein verzetsleger dat vanuit de omgeving van Luwero in Buganda guerrilla-activiteiten ontplooide tegen het nieuwe Oboteregime. Deze liet er geen twijfel over bestaan wie de leermeester van Amin geweest was en stuurde een groot leger naar Luwero met de opdracht om elk levend wezen dat men tegenkwam te vernietigen. Complete dorpen werden met de grond gelijkgemaakt, duizenden onschuldige burgers kwamen om het leven. Tito Okello, een van de legerleiders opperde, om verder bloedvergieten te voorkomen, dat het weleens verstandig zou kunnen zijn om met de NRM te gaan praten. Vanzelfsprekend paste dat niet in Obote’s strategie en Okello sprak dan ook tegen dovemansoren. Niemand weet waarom Obote geen strafmaatregelen tegen de ‘rebellerende’ militair nam, waarschijnlijk had hij opnieuw last van arrogantie. Hoe het ook zij, Okello pleegde op 27 juli 1985 een militaire coup, welke zonder bloedvergieten verliep. Obote werd opnieuw door zijn eigen legerleider aan de kant gezet en verbannen.

Okello nam zelf de leiding van Uganda op zich en benoemde Paolo Muwanga als eerste minister. Een politieke blunder van jewelste. Okello had kunnen weten dat Muwanga, als verantwoordelijke man voor de ‘verkiezingsuitslag’ die Obote aan de macht bracht, slecht in de smaak zou vallen bij de bevolking.

De naar Kenia uitgeweken Museveni liet weten dat de NRM nog steeds bereid was om te praten over de toekomst van Uganda. Okello, die zijn vergissing inmiddels wel had ingezien, stemde toe en in augustus 1985 gingen de onderhandelingen van start. Ondanks alle goede bedoelingen liepen de beraadslagingen vast en ze werden in december 1985 afgebroken zonder enig resultaat. Het enige wat Museveni had bereikt was dat hij grote bekendheid had verworven, waarvan hij in 1986 handig gebruikmaakte.

Op 26 januari 1986 viel Museveni met zijn troepen Uganda binnen en het werd Okello al snel duidelijk dat de opstandige troepen met Museveni aan het hoofd op brede steun van de bevolking konden rekenen, daar waar hij die zelf verspeeld had. Hij gaf zich gewillig over en Museveni kon een aanvang maken met de creatie van een nieuw en volledig ander Uganda.