Deze oorlogen werden mede in de hand gewerkt door kabaka Mwanga die zijn in 1884 overleden vader Mutesa opvolgde. Vooral de rooms-katholieken moesten het zwaar ontgelden, maar deze verzetten zich hevig tegen zowel de protestanten als tegen de islamieten, die inmiddels ook aan het hof geloofsgenoten hadden. Deze zagen kans grote invloed uit te oefenen op de jonge kabaka. Dat leidde in 1885 tot de dood van bisschop Hannington. Samen met een 50-tal volgelingen werd hij, in opdracht van kabaka Mwanga op gruwelijke wijze vermoord. Sommigen van hen werden levend aan het spit geroosterd.

In feite wilde Mwanga van elke godsdienst in het land af en terugkeren tot de levenswijze van zijn voorvaderen. Daartoe sloot hij in 1887 een verbond met de districten die onder zijn rijk vielen en waarvan de inwoners nog op traditionele wijze leefden. Leiders uit deze gebieden werden aangesteld op hoge posten. De christenen en islamieten sloegen voor de eerste maal (en voor korte tijd) de handen ineen en organiseerden een tegenoffensief dat in 1888 leidde tot de afzetting van Mwanga. Het leverde slechts een tijdelijk resultaat op.

Mwanga werd uiteindelijk opgevolgd door een van zijn vroegere moslim-adviseurs, Kiwewa. Dat leidde tot een regelrechte burgeroorlog waarbij christenen en islamieten tegenover elkaar kwamen te staan. In 1889 werden alle moslims uit Buganda verdreven. Ze vonden een gastvrij onderkomen bij omakuma Kabalega, koning van Bunyoro. De protestanten en rooms-katholieken pakten hun onderlinge twisten weer op en Mwanga besteeg opnieuw de troon van Buganda.