Hij installeerde een éénpartijenstelsel waarbinnen ruimte was voor alle volkeren, etnische groeperingen en religies. Er werd een commissariaat voor mensenrechten in het leven geroepen, de persvrijheid werd hersteld en verbannen personen van buitenlandse komaf werd de gelegenheid geboden terug te keren. Museveni moedigde buitenlandse investeerders aan om te beleggen in het vruchtbare Uganda en hij startte een wereldwijde actie om het toerisme te bevorderen. Hij kreeg al snel buitenlandse steun bij zijn streven om van het verarmde Uganda weer een staat te maken waarin het goed leven en verblijven was.

Ook op andere terreinen maakte Museveni zich mateloos populair in het land. Hij herstelde in 1993 de vroegere koninkrijken weer in ere en Buganda, Bunyoro, Ankole en Toro hebben weer, zij het onder centraal gezag, regerende vorsten.

Tijdens de presidentsverkiezingen van 1996 kreeg Museveni maar liefst 75% van de uitgebrachte stemmen en ook in 2001 haalde hij het huzarenstukje uit door al in de eerste verkiezingsronde een ruime meerderheid te behalen. Aan deze verkiezingen namen zes kandidaten deel. Museveni kreeg 62% van de stemmen, zijn naaste concurrent Kizza Besigye, ooit strijdmakker en lijfarts van Museveni, 35%. Besigye klaagde over fraude bij de verkiezingen. Zo ontdekten kiezers in het district Kanungu dat hun stembiljetten al waren ingevuld ten faveure van Museveni en werden kiezers in andere districten weggestuurd met achterlating van hun stembiljetten zonder dat ze in de gelegenheid waren geweest deze in te vullen. In zes districten zouden onregelmatigheden zijn voorgevallen, waarbij intimidatie en geweld niet geschuwd zouden zijn. De minister van Binnenlandse Zaken beloofde een onderzoek te zullen instellen naar de aantijgingen. Vaststaat dat, tijdens de aanloop naar de verkiezingen, tenminste 12 mensen zijn omgekomen.

In 2004 werd het meerpartijenstelsel, na een referendum, in ere hersteld. Meer dan 93% van de bevolking sprak zich uit vóór het meerpartijenstelsel, maar in de praktijk veranderde er weinig. Tijdens de verkiezingen van 2006 veroverde Museveni 59% van de stemmen, Besigye, teruggekeerd na zijn verbanning in 2001, verzamelde 37% en opnieuw protesteerde hij heftig tegen de uitslag, ditmaal echter zonder al te veel gevolgen. De bevolking had weinig oren naar de argumenten van Besigye, het vorige debacle lag nog vers in het geheugen.

In oktober 2005 had het Internationale Gerechtshof in Den Haag een arrestatiebevel uitgevaardigd tegen Josph Kony en vijf van zijn officieren, leiders van de LRA (zie hierna). Museveni beloofde hun echter amnestie op voorwaarde dat er een staakt-het-vuren afgekondigd zou worden en men door onderhandelingen het al bijna 20 jaar slepende conflict op zou lossen. De oproep werd gedaan op 26 augustus 2006 en in het zuiden van Soedan leidde dit reeds tot rust onder de bevolking. Omdat Den Haag het amnesty-aanbod ongeldig heeft verklaard wordt algemeen verondersteld dat Kony de onderhandelingen slechts aangrijpt om zijn troepenmacht te versterken.

Ongeacht hoe men over het politieke stelsel van Uganda denkt, dat Museveni heel veel goeds voor het land heeft gedaan werd extra duidelijk in 2007, toen hij gastheer was voor koningin Elizabeth II en de 57 staatshoofden van de aangesloten landen van het Gemenebest van Staten. Niet alleen de beelden van de conferentie gingen de gehele wereld over, maar ook de beelden van het land en vaak werden vergelijkingen getrokken met het Uganda op het tijdstip dat Museveni aan de macht kwam. De wereld verbaasde zich over de vooruitgang.

Uganda was voor het aantreden van Museveni een van de landen met het hoogste sterftecijfer als gevolg van aids ter wereld. De president liet op grote schaal condooms in het land verspreiden ter bestrijding daarvan. Ook kwamen er allerlei klinieken die speciaal gericht waren op de voorkoming en bestrijding van aids. Dat maakte wereldwijd veel indruk. Dat de president in februari  2014 zijn handtekening zette onder de wet die homo-seksualiteit strafbaar stelde omdat dat een ziekte zou zijn die uitgeroeid moest worden, zette de wereld aan het denken en de 'antie-homowet' werd door vele regeringen veroordeeld en het leidde tot het intrekken van steun aan Uganda, onder andere door Nederland. De Wereldbank besloot om een lening van 65 miljoen euro voor gezondheidszorg uit te stellen. Nog geen maand eerder had Museveni aan de vroegere aartsbisschop Tutu beloofd de wet niet te zullen ondertekenen. Door het plaatsen van zijn handtekening kunnen homo's nu rekenen op levenslange gevangenisstraf. Uit peilingen blijkt echter dat een ruime meerderheid van de Ugandese bevolking achter de wet staat.

Dat de democratie ook in praktijk werd gebracht bleek toen in 2007 de president opdracht gaf om 7.100 ha van het oostelijke deel van het Mabira Forest, het laatste stuk ongerept oerwoud van Uganda, ter beschikking te stellen aan de Sugar Corporation of Uganda teneinde deze in staat te stellen om aldaar een grote suikerrietplantage te vestigen. Al in 2006 had Museveni dit aan het parlement in een brief voorgelegd, maar vele parlementariërs waren fel tegen. Toen het verhaal uitlekte bracht dit grote maatschappelijke onrust teweeg en het leidde zelfs tot, aanvankelijk vreedzame, later gewelddadige, demonstraties in het hartje van Kampala rond de parlementsgebouwen. Museveni probeerde de parlementariërs door een persoonlijke boodschap die veel had van een smeekbede, tot andere gedachten te brengen, maar het had er alle schijn van dat het tot een motie van afkering tegen de president zou leiden.

Het voorstel werd ingetrokken, maar in januari 2010 toch in stemming gebracht en aangenomen door het parlement. Opnieuw stak een politieke discussie de kop op. De gehele geschiedenis werd bekend onder de naam Mabira Forest Affair waarover het laatste woord nog niet gezegd is. Het verhaal bewijst echter dat de democratie in Uganda, hoe wankel ook, zich aan het ontwikkelen is. In elk bedrijf en in de meeste winkels hangt een foto van de president.

Ugandezen zijn gezagsgetrouw, soms op een overdreven manier. Veel minder dan in andere Afrikaanse landen echter, lijkt een escorte waarin de president van A naar B wordt begeleid op een op Amerikaanse leest geschoeide mislukte operette-uitvoering.

In 2011 waren er nieuwe presidentsverkiezingen en algemeen werd verwacht dat Museveni, na een regeerperiode 25 jaar, op 67-jarige leeftijd zou terugtreden. De verwachtingen kwamen niet uit en op 12 mei 2011 werd Museveni opnieuw voor een periode van vijf jaar beëdigd. Het zal niemand verbazen als zijn zoon Muhoozi Kainerugaba hem in 2016 zal opvolgen. Deze krijgt een grondige opleiding in het leger. Natuurlijk vinden daar, gezien de geschiedenis van het land, protesten tegen plaats. Vooralsnog worden deze protesten radicaal de kop ingedrukt. Kranten die het wagen om kritisch daarover te zijn worden verboden, journalisten die vraagtekens plaatsen worden het land uitgezet of gearresteerd.