Halverwege de 16de eeuw begonnen in Frankrijk de godsdienstoorlogen tussen de hugenoten (protestanten) en rooms-katholieken. Sommige steden namen de Reformatie snel over, maar het platteland verzette zich hevig. De gevolgen van de strijd tussen de hugenoten en de rooms-katholieken zijn in de Auvergne op veel plaatsen zichtbaar. Overal zijn kerken, kathedralen en kloosters waar heiligenbeelden van hun voetstuk zijn gehaald of zijn onthoofd. Kapitelen en beelden die letterlijk op een hoger niveau stonden, werden gespaard omdat men er niet snel genoeg bij kon komen. De hugenoten werden geleid door de Bourbons, terwijl de hertogen van Guisse de rooms-katholieken aanvoerden. Een lange periode van strijd volgde, die pas in 1598 eindigde met het 'Edict van Nantes', waarin de godsdienstvrijheid werd geregeld. Tegelijkertijd beperkte koning Hendrik IV de macht van de kasteelheren en nam hij zelf de touwtjes stevig in handen. Niet veel later brak de tijd van 'de Lodewijken' aan, een periode waarin de koningen de absolute macht vergaarden, maar ook een tijd waarin af en toe conflicten tussen protestanten en rooms-katholieken oplaaiden.