Halverwege de 16de eeuw begonnen in Frankrijk de Godsdienstoorlogen tussen protestanten, die men hugenoten noemde, en rooms-katholieken. Sommige steden namen de nieuwe leer van de reformatie snel over, maar het platteland verzette zich hevig. De gevolgen van de strijd tussen de hugenoten en de rooms-katholieken zijn overal in de Berry, Limousin, Périgord en de Quercy zichtbaar in kerken, kathedralen en kloosters. Overal zult u gebedshuizen zien waarbij heiligenbeelden van hun voetstukken zijn gehaald of beelden zijn onthoofd. Kapitelen en beelden die letterlijk op een hoger niveau stonden werden in veel gevallen gespaard, omdat men er niet snel genoeg bij kon komen. De stad Bergerac was in handen van de hugenoten, terwijl de steden Cahors en Périgueux rooms-katholiek bleven. Een lange periode van strijd volgde die pas in 1598 eindigde men het `Edict van Nantes', waarin de godsdienstvrijheid werd geregeld. Tegelijkertijd beperkte koning Hendrik IV de macht van de kasteelheren en nam zelf de touwtjes stevig in handen. Het gevolg was dat de Périgord onder het centrale gezag van het koninkrijk kwam. Niet veel later brak de tijd van `de Lodewijken' aan, een periode waarin de koningen de absolute macht vergaarden, maar ook een tijd waarin af en toe conflicten tussen protestanten en rooms-katholieken opnieuw opbloeiden.