Binnenlandse godsdienstoorlogen en buitenlandse inmenging waren het gevolg. Toch stond de economie er redelijk goed voor. Dit was te danken aan de neutraliteitspolitiek en de komst van grote groepen protestantse vluchtelingen, die de handel en nijverheid steeds nieuwe impulsen gaven. De rijkdom was zowel op het platteland als in de steden in de handen van enkelingen, die geen inspraak in politieke zaken duldden. De verspreiding van de ideeën van de Verlichting droeg ertoe bij dat het verzet tegen de rijke families toenam, wat regelmatig resulteerde in bloedige opstanden.

Napoleon

In deze situatie was het voor Napoleon Bonaparte een koud kunstje in 1798 Zwitserland binnen te vallen en de 'ene en ondeelbare Helvetische republiek' te stichten. Napoleon reorganiseerde het bestuur en de rechtspraak en voerde een nieuwe grondwet in. De nieuwe, op Franse leest geschoeide staatsvorm stuitte op verzet van alle Zwitsers. Anarchie was het gevolg en Napoleon zag zich in 1803 gedwongen een 'Akte van Verzoening' op te stellen. Hierin werd rekening gehouden met de Zwitserse gehechtheid aan kantonale zelfstandigheid. Het land kreeg echter wel een centrale regering, waardoor het voor het eerst een echte confederatie was.