Al voor het begin van onze jaartelling beleefde Anuradhapura een grote bloei. Volgens de kronieken was het een echte stad met afzonderlijke wijken voor jagers, handwerkslieden, straatvegers, buitenlandse handelaren en 'andersdenkenden', dus niet-hindoes. Een dergelijke celstructuur, waarbij families met dezelfde beroepen bij elkaar gingen wonen, is kenmerkend voor oude steden in de hele wereld. In sommige steden in Sri Lanka is deze celstructuur tot op heden ten dele intact gebleven. Nog steeds wonen bijvoorbeeld fruithandelaren, textielhandelaren en juweliers in Colombo in elkanders nabijheid. Er zijn in heel Sri Lanka nog veel stadswijken waarin een bepaald ambacht nadrukkelijk het straatbeeld bepaalt. De stad Anuradhapura had herbergen, ziekenhuizen, tempels, begraafplaatsen en waterreservoirs. Iedere dag waren er duizend straatvegers in de weer om alles schoon te houden. In 247 v.Chr. ging de stad van het hindoeïsme over tot het boeddhisme. Anuradhapura bleef een heilige stad voor de boeddhisten, zoals Benares voor de hindoes, Jeruzalem voor de joden, christenen en moslims en Mekka voor de moslims.

Herovering op de Tamils

In 161 v.Chr. overwon Duttha Gamani de hindoe-Tamils, waarbij hij hun koning Elara in een tweegevecht doodde. Hij liet voor deze koning, die 44 jaar in Anuradhapura resideerde, een grafmonument oprichten. Hij was zijn vijand, de wijze en rechtvaardige Elara, dankbaar dat hij Anuradhapura niet had verwoest en de boeddhistische tempels intact had gelaten. De Tamils werden met gelijke rechten in de gemeenschap opgenomen. Als koning bouwde Duttha Gamani (161-137 v.Chr.) in Anuradhapura de prachtige dagoba Mirisavati, het koperen paleis van negen verdiepingen en de fraaie dagoba Ruwanweli Seya. Het was de wens van de koning dat deze laatste dagoba klaar zou zijn voor zijn dood. Dat lukte niet en toen de koning op zijn sterfbed lag, werd het onvoltooide gebouw bedekt met grote witte doeken om de stervende koning de indruk te geven dat de dagoba was voltooid.

Verval na grote bloei

Tijdens het bewind van koning Valaham Bahu (103-77 v.Chr.) viel de stad weer in handen van de Tamils, voor veertien jaar, een periode waarin vijf verschillende Tamil-koningen de troon van Anuradhapura bezetten. Koning Mahasena (274-301 n.Chr.) en koning Buddhadasa (341-370 n.Chr.) bezorgden de hoofdstad tempels en waterwerken. Maar nieuwe aanvallen dwongen de koningen verscheidene malen de stad te verlaten. In 846 n.Chr. werd besloten een nieuwe hoofdstad te kiezen, Polonnaruwa. Maar Anuradhapura bleef bewoond en ook de koningen keerden er regelmatig terug. Later werd de stad echter verlaten en in een mum van tijd nam het tropisch oerwoud bezit van de plaats. De machtige en prachtige stad werd overwoekerd en ten slotte vergeten. Geheel onopgemerkt vervielen de eens zo wonderschone gebouwen tot ruïnes. In 1817 wees de Engelse ambtenaar Ralph Backhouse op de kolossale ruïnes in de jungle, maar pas na vele verkenningen werd in 1912 door de Britse archeoloog H. Bell met de uitgraving van de uitgestrekte stad begonnen. Enkele gebouwen werden gerestaureerd en dwars door de begroeiing werden wegen aangelegd.