De tempel is in 1839 ontdekt door een Britse officier en dateert uit de bloeiperiode van de Tarxien-fase (ca. 3000-2200 v.Chr.). De naam betekent ‘rechtopstaande stenen’ en heeft, dat hoeft nauwelijks toelichting, betrekking op de indrukwekkende muur rondom de tempel. Deze bestaat uit kolossale platte stenen van vier tot vijf meter hoogte. Vooral aan de zeezijde van de tempel is aan de erosie goed te zien dat gebruik is gemaakt van het zachte globigerine kalksteen waaruit het grootste deel van het kustgebied bestaat.

Met de opgravingen in Ħagar Qim is men halverwege de 19e eeuw begonnen en hebben unieke kleibeelden van de Magna Mater opgeleverd. Daaronder het naturalistische naakt ‘Venus van Malta’ dat zich nu in het Nationaal Archeologisch Museum in Valletta bevindt. Alle belangrijkste decoraties zijn overigens naar het museum overgebracht om beschadiging door bezoekers of verdere erosie te voorkomen. Daartoe behoren naast sierlijke elementen en zogeheten puntversieringen, altaren, en friezen met dieren- en plantenreliëfs.

Uit deze decoraties is door archeologen opgemaakt, dat met de bouw van Ħagar Qim de tempels in Malta in de loop van de tijd een andere functie hebben gekregen. Waren ze aanvankelijk alleen een plaats waar de as van priesters en stamhoofden werd bijgezet, vanaf het derde millenium v.Chr. werden naar wordt aangenomen in de tempels ook diensten gehouden om een betere oogst of visvangst af te smeken. In die zin vertegenwoordigt Ħagar Qim een belangrijk cultuurhistorisch keerpunt.

De toegang tot het complex bestaat zoals bij de meeste tempels in Malta uit een zogeheten trilith. Het woord is afkomstig uit het Grieks: tri = drie en lithos = steen. Drie stenen dus, twee staande met daarop een liggende, alle drie voorzien van puntdecoraties. De tempel telt zeven niervormige absissen die elk door uit ruwe blokken steen opgebouwde muren zijn omgeven.

Op verschillende plaatsen staan tafel- en pilaaraltaren, orakels en schrijnen. Opmerkelijk zijn de ‘vensterstenen’ die toegang geven tot de verschillende ruimtes. Waarschijnlijk zijn ze oorspronkelijk met hout of huiden afgesloten geweest. Aangenomen wordt dat ook de tempels ooit volledig overdekt waren.