De Arabieren die Kreta van 824 tot 961 n.Chr. bezetten gaven de stad de naam Rabdh El Khandaq naar de brede gracht die ze om de stad groeven. Khandaq betekent namelijk gracht. De plaats was toen een van de grootste piratenbolwerken van de Middellandse Zee. Tijdens de Byzantijnse periode die volgde, heette Heraklion Megálo Kástro, oftewel groot kasteel.

Fort

De Venetianen noemden de stad vanaf 1210 Candia en maakten er de belangrijkste stad van op Kreta. Er werden prachtige gebouwen neergezet, mooie kerken, monumenten en fonteinen. Om zich te weren tegen de Turken bouwde men een groot fort en stadswallen. Na een belegering die maar liefst eenentwintig jaar duurde, kregen de Turken de stad toch in handen in 1669. Zij noemen de stad Kandiye.

Chaotische bouwstijl

 Na het Turks schrikbewind van 250 jaar was er niet veel meer over van de mooie stad. Als Kreta bij Griekenland komt in 1913, krijgt Heraklion de status van hoofdstad van het eiland. Bij de Duitse bombardementen tijdens de Slag om Kreta in 1941 wordt de stad grotendeels verwoest. Na de Tweede Wereldoorlog wordt Heraklion in snel tempo opgebouwd om de vele vluchtelingen te herbergen. Dit resulteert in een chaotische bouwstijl die vooral in de buitenwijken zichtbaar is.