Tussen 1875 en 1882 bezocht hij de Franziskaner school in Lienz en zijn vader, schilder en fotograaf, onderkende al heel snel dat het joch talent had. Dankzij de bemiddeling van de schilder Hugo Engl werd hem in 1884 een plaatsje gegund aan de Akademie der Bildenden Künste in München. In 1881 verscheen zijn eerste werk al en de jaren erna zouden er nog tientallen werken volgen.

Dat hij een begenadigd schilder was blijkt vooral uit de prachtige portretten die hij door de loop van de jaren schilderde, maar ook zijn landschappen, historische taferelen en afbeeldingen van dieren kregen grote bekendheid. Rond de eeuwwisseling 1800-1900 veranderde zijn werk van opzet. De gezichten werden indringender en minder herkenbaar (hoewel hij ook bij zijn latere werk altijd een model gebruikte), de handen werden groter en zijn werk veel herkenbaarder als het werk van Albin Egger, die aan zijn achternaam de stad waaraan hij zo nauw verbonden was, toevoegde. 'Der Sähmann' uit 1903 is waarschijnlijk het eerste werk dat van zijn tot dan toe traditionele werk afweek. De handen van de zaaier zijn groter, zijn gezicht is hoekiger.

Ook het portret van zijn dochter 'Lorli', gezeten op een scheerstoel, gedateerd in 1907, heeft duidelijk iets van zijn latere werk. De doorbraak van zijn nieuwe stijl vond ongetwijfeld plaats met de schilderijen 'Haspinger' en 'Haspinger anno neun' uit 1908, waarin hij de boerenopstand in 1908/1909 onder aanvoering van pater Haspinger gestalte geeft, een onderwerp dat nog vele malen terug zou komen. Ondanks het feit dat Egger-Lienz een opgewekt man was werden zijn beeltenissen steeds somberder. 'Die Blinden' uit 1918, 'Totentanz' uit 1921 en de 'Kriegsfrauen' uit 1922 zijn er treffende voorbeelden van. Door velen bejubeld, door velen verguisd.

In Duitsland en Oostenrijk kreeg hij niet de erkenning die hij graag wilde, ook niet in de plaatsen waar hij als volkomen onbekende een bestaan als schilder probeerde op te bouwen, zoals in Längenfeld in Tirol. Vanuit binnen- en buitenland kwamen tal van opdrachten. Maar, het waren niet de opdrachten die hij graag wilde, men wilde herkenbare zaken op het doek (of op het glas, hij ontwierp ook glas-in-lood ramen).

Na afloop van de Eerste Wereldoorlog werd rond de parochiekerk St. Andrävan Lienz een arcade aangelegd ter nagedachtenis van de gevallenen in Oost-Tirol gedurende de oorlog. Tot het monument ging een kapel behoren en in 1923 kreeg Egger-Lienz de opdracht om in de kapel een drietal schilderingen te ontwerpen. In mei 1924 ging de gemeenteraad van Lienz akkoord met de ontwerpen en zo ontstonden de frescos 'Sturm. Den Namenlosen' aan de zuidzijde van de kapel, 'Totenopfer' aan de noordwand en het zeer omstreden 'Der Auferstandene' aan de oostwand. De kapel werd in september 1925 ingewijd.

Tegenstanders van Egger-Lienz keerden zich massaal en vooral tegen het laatstgenoemde fresco. Het stelt de opgestane Jezus voor, behoorlijk uitgemergeld, slechts gekleed in een lendendoek, een kruisvaan in zijn linkerhand, kortharig en met een ovale nimbus rond zijn hoofd. Een regelrechte aanslag op de conservatieve voorstellingen van de verrezen Jezus. Men maakte deze schanddaad bekend in Rome en in oktober 1926 kwam de verordening af dat het fresco verwijderd of overgeschilderd moest worden, hetgeen door Egger-Lienz werd geweigerd, nog steeds ondersteund door de gemeenteraad. Voor zijn werk werd hem zelfs het ereburgerschap van de stad Lienz verleend en ontving hij, voor zijn gehele oeuvre een eredoctoraat van de universiteit van Innsbruck.

Het betekende wèl dat vanaf 6 mei 1925 in de kapel geen godsdienstoefeningen van welke aard dan ook, meer gehouden mochten worden. Dit verbod werd pas in 1950 opgeheven. Ook de kerk was aan de geloofsbeleving van Egger-Lienz gewend geraakt.

Op 4 november 1926 overleed de grote schilder in de Gründwaldhof in St. Justina in het Pustertal. Op zijn verzoek werd hij begraven op het kerkhof van Lienz. Op de eerste verjaardag van zijn overlijden werd zijn lichaam overgebracht naar een eregraf in de kapel en, onder het fresco ' Sturm. Den Namenlosen', herbegraven.