Vergeleken met de dichtbevolkte kusten en de eilanden van de Middellandse Zee en een groot deel van Griekenland en Italië heeft de mens maar zeer beperkte druk op de natuur uitgeoefend. Uit bovenstaande getallen blijkt dan ook, dat het gunstig is gesteld met de biodiversiteit in Bosnië. Dit is goed te zien aan de voorkomende vegetaties, de typen van natuurlijke plantenbegroeiing, die, meer dan de soortenaantallen, het gevoel van een prachtige natuur teweegbrengen. De vegetaties van Bosnië worden ingedeeld in mediterrane, Centraal-Europese montane en Centraal-Europese alpiene vegetaties.

Mediterrane vegetaties

Door de hoge bergen langs de Dalmatische kust is de invloed van de Middellandse Zee beperkt tot een smalle landstrook, heel anders dan bijvoorbeeld in het laagland, zoals het Rhônedal in Frankrijk, waar de invloed tot 100 km landinwaarts reikt. Mediterrane vegetaties bevinden zich alleen in Herzegovina, langs de benedenloop van de Neretva en haar zijrivieren de Trebišnjica en de Trebižat, in het laagland dus. Hier vindt men op beperkte schaal eikenbossen en vegetaties van altijdgroene struiken en lage bomen (zoals de steeneik). Deze laatste vegetatie wordt ‘maquis’ genoemd. De heuvels zijn begroeid met kruiden en lage struiken, die in voorjaar en voorzomer een kleurrijk schouwspel opleveren, maar daarna grotendeels verdorren. Deze vegetatie wordt ‘phrygana’ genoemd, en typische planten zijn rozemarijn, kermes-eik, Cistus-soorten, en verder veel eenjarigen en bolgewassen. In karstgebieden overheerst een plantenarme, stenige steppe. In het voorjaar komen hier vele bolgewassen tot bloei, zoals diverse soorten iris, look, vogelmelk, anemoon, krokus en blauwe druif. Daarna gaan droogtebestendige hoge grassen en tal van aromatische, sterk behaarde en stekelige plantensoorten, bestand tegen droogte en hitte, overheersen. Hieronder diverse soorten tijm, andoorn, Phlomis, grote schermbloemigen en toorts. De gebruikelijke opvatting is, dat de oorspronkelijke bossen in het verleden door ongecontroleerde houtkap, gevolgd door overbegrazing, degradeerden tot ‘maquis’, en dat deze vervolgens overging in ‘phrygana’, en tenslotte in een stenige steppe. Ook in Bosnië zijn zowel in de mediterrane als in de Midden-Europese zones bossen verdwenen. Overigens worden er tegenwoordig vraagtekens gezet bij het klassieke verhaal, dat het hele Middellandse Zeegebied ten tijde van de oude Grieken en Romeinen overdekt was met loofbossen, die door overexploitatie (geiten) te gronde zouden zijn gegaan.

Centraal-Europese montane vegetaties

Het grootste deel van Bosnië ligt in het middengebergte, dat reikt tot hoogten van 700 tot 1700 meter. De natuurlijke vegetatie is hier vooral loofbos. Op veel plekken heeft dit plaatsgemaakt voor akkerbouw en half-natuurlijke weidegrond, en ook is het vervangen door productie-naaldbos. Natuurlijke loofbossen vindt men nog veel op de minder toegankelijke berghellingen. Naast beuken groeien er kleinere aantallen grove dennen, zilver- en fijnsparren, haagbeuken, populieren, iepen en platanen. Eiken komen alleen in de lagere streken voor.

De mooiste montane bossen liggen in het reusachtige (175 km2) Sutjeska Nationaal Park, bij de grens met Montenegro, rond de kloof van de gelijknamige rivier. Het lage deel van het park wordt ingenomen door een schitterend gemengd bos van beuk en zilverspar. Daarboven bevindt zich montaan beukenbos, met fijnspar op de steilere hellingen. Beuken kunnen hier meer dan vijftig meter hoog worden. Dit is een van de laatst overgebleven oorspronkelijke montane loofbossen van Europa. Nog hogerop zijn er struikvegetaties van bergden. En daar boven beginnen de alpenweiden.

In de montane zone komt ook naaldhout voor. Zuivere sparrenbossen vindt men in Noord-Bosnië, ze reiken tot ongeveer 1200 meter; natuurlijke gemengde dennenbossen met onder andere zwarte den groeien op wat hogere en drogere plaatsen dan de beukenbossen, tussen de 900 en 2000 meter. Een mooie plek om dit alles te zien is Kozara Nationaal Park, bij Prijedor.

Een aparte vermelding verdient de hoge, zuilvormige Servische spar, Picea omorica, een Balkan-endeem en een van die plantensoorten die hier al sinds het Tertiair aanwezig is. Hij vormt samen met enkele loofboomsoorten een bijzonder bostype dat voorkomt op een flink aantal plaatsen in het oosten van Bosnië, in het stroomgebied van de Drina.

Centraal-Europese alpiene vegetaties

Deze begroeiingen komen voor boven de 1700 meter, en zijn weer onder te verdelen in alpenweiden en vegetaties van rotsen en puinhellingen. De weiden strekken zich vaak naar lagere gebieden uit en zijn daar in de loop der eeuwen ontstaan door een combinatie van beweiding, houtkap en het wegbranden van struiken. Bosnië telt maar liefst 171 typisch alpiene plantensoorten. Enkele bekende zijn, net als in de kalkstreken van de Alpen, de zilverwortel, gletsjerranonkel, edelweiss, kalkviooltje en dwergjeneverbes.