Op 15 januari 1992 erkende de Europese Gemeenschap de onafhankelijkheid van Slovenië en Kroatië. Dit gebeurde na relatief korte schermutselingen tussen de legers van die republieken en het Joegoslavische volksleger. Europa moedigde Bosnië aan om, net als Kroatië en Slovenië hadden gedaan, een referendum over de onafhankelijkheid te organiseren. De meeste Kroaten en Bosnjakken waren voor die onafhankelijkheid, omdat ze anders in een door Servië overheerst romp-Joegoslavië achter zouden blijven. De Serven, die het referendum massaal boycotten waren juist voor het behoud van dit romp-Joegoslavië. Op 2 maart 1992, de dag dat bekend werd gemaakt dat 99 procent van de mensen die wél naar de stembus waren gegaan de onafhankelijkheid geprefereerd had, namen de eerste Servische paramilitairen hun stellingen in.

Nog geen maand later riep Karadžic in de Servische autonome gebieden de ‘Republika Srpska’ uit. Toen de Europese Unie op 6 april 1992 de onafhankelijkheid van Bosnië erkende, was de oorlog in de praktijk al begonnen. In het voorjaar brachten Servische troepen die van het materieel van het oude Joegoslavische leger gebruik konden maken een groot deel van Bosnië onder controle. Het Bosnische leger, dat vooral uit Bosnjakken, maar ook wel uit Kroaten en een enkele Serf bestond, had hiertegen weinig in te brengen. Sarajevo werd omsingeld, net als de stadjes Goražde, Žepa en Srebrenica. De VN-troepen van UNPROFOR (United Nations Protection Force), die al in Kroatië actief waren, kregen nu ook de taak bescherming en humanitaire hulp voor de bevolking van Bosnië te verzorgen. Nationalistische Kroaten onder leiding van Mate Boban stichtten in juli de ‘Kroatische Gemeenschap van Herzeg-Bosna’ in het zuidwesten van het land. In het voorjaar van 1993 raakte het militaire verbond, dat zij met de Bosnjakken hadden, ontregeld door toenemende gevechten tussen de twee groepen. Toen in het noordwesten de Bosnjak Fikret Abdic de ‘Autonome Republiek Bihac’ uitriep, bleef alleen de omgeving van Tuzla stevig in handen van Izetbegovic en het Bosnische leger.

Iedereen leek tegen iedereen te vechten. Vaak gingen de belangen van plaatselijke warlords, die meestal een crimineel verleden hadden, boven die van de officiële legers. Dorpen en stadjes werden etnisch gezuiverd. Mensen werden vermoord, verkracht of gevangengenomen. Steden werden beschoten vanuit de heuvels, sluipschutters terroriseerden de straten en landmijnen maakten elke stap gevaarlijk. In de oorlog viel in totaal bijna een kwart miljoen doden en nog veel meer werden er verminkt of verwond. Twee miljoen mensen werden uit hun huizen verdreven en nog steeds kampen velen met oorlogstrauma’s. De materiële schade was enorm: tachtig procent van de industrie is vernield en een groot deel van het platteland is onbruikbaar geworden door mijnen. Ook veel cultureel erfgoed, zoals de brug van Mostar, de bibliotheek van Sarajevo en talloze kerken en moskeeën, werd verwoest.

In 1994 begonnen de eerste serieuze vredesonderhandelingen. Verschillende plannen werden gemaakt, maar telkens door een of meer partijen afgewezen. Onder druk van de Verenigde Staten besloten de Bosnische Kroaten weer met de inmiddels beter bewa-pende Bosnjakken samen te werken. Ze drongen de Serven, die het grootste deel van Bosnië in handen hadden, een flink eind terug. In twee grootscheepse acties – in mei en augustus 1995 – verdreef het Kroatische leger de Servische bevolking en militairen met grof geweld uit bezet Kroatië. Dat deed het machtsevenwicht ook in Bosnië definitief omslaan.

De ontzetting over de val van het door de VN tot ‘veilig gebied’ uitgeroepen Srebrenica en de daaropvolgende massamoord onder bevel van de Servische generaal Ratko Mladic in de zomer van 1995 veranderde de houding van het Westen. Toen eind augustus een Servische mortiergranaat op de markt van Sarajevo insloeg en tientallen doden maakte, besloot de NAVO militair in te grijpen. Dagenlang bombardeerden straaljagers Servische stellingen. Militair gezien hadden de Bosnjakken en Kroaten hun opmars kunnen doorzetten en de Serven kunnen verslaan. De internationale gemeenschap stak hier een stokje voor, omdat ze grote vluchtelingenstromen vreesde. De VN en NAVO dwongen de partijen weer terug aan de onderhandelingstafel.

Een eerder plan om Bosnië te verdelen in een Servische en een Bosnjaks-Kroatische entiteit, werd in september op bijeenkomsten in Genève en New York in principe geaccepteerd. De onderhandelaars besloten elkaar half november in het Amerikaanse Dayton weer te treffen. Na ongekend intensieve onderhandelingen werd er een overeenkomst bereikt. Op 14 december ondertekenden de presidenten van Bosnië, Kroatië en Servië het vredesakkoord van Dayton in Parijs.