In 1981 deed de toenmalige president van Kroatië, Tuđman, voor het eerst in het openbaar van zich horen. Hij beschuldigde de centrale regering in Belgrado van discriminatie van de Kroaten. Vrijwel alle belangrijke posten waren in handen van Serven. De centrale regering pakte de vroegere generaal in het partizanenleger hard aan en veroordeelde hem tot drie jaar gevangenisstraf. Bovendien kreeg hij een spreekverbod opgelegd voor een periode van vijf jaar.

Kroatië vond in Slovenië een bondgenoot in het streven naar zelfstandigheid. De deelrepublieken waren aanmerkelijk beter georganiseerd en vooral veel meer geïndustrialiseerd. Beide voelden er weinig voor om de vruchten van hun inspanningen te delen met de andere deelstaten. De economie van het land werd in feite door deze twee staten gedragen, zonder dat ze veel te zeggen hadden in de centrale regering.

Anderen, en met name de Serven, beslisten wat er gebeurde met de welvaart die de twee deelrepublieken in het land brachten. Op 25 juni 1991 verklaarden beide deelrepublieken dat ze voortaan op eigen benen zouden staan, onafhankelijk van de centrale regering in Belgrado. Joegoslavië werd een dreigende oorlogshaard in Europa. Op initiatief van de Europese Gemeenschap vond op 8 juli 1991 een topontmoeting plaats tussen vertegenwoordigers van de EG en de presidenten van de Joegoslavische deelstaten. Ze probeerden te redden wat er te redden viel, maar het resultaat van de conferentie, gehouden op Veli Brijuni, een eiland voor de kust bij Pula, ooit buitenverblijf van Tito, was nihil. Slovenië en Kroatië bleven bij hun besluit zich los te zien van de centrale regering. Natuurlijk liet deze dat niet zonder slag of stoot toe en het staatspresidium gaf beide deelstaten opdracht hun onafhankelijkheidsstreven te beëindigen. Deze wezen echter beide het gestelde ultimatum af en het Joegoslavische leger (naast de centrale regering ook zélf een partij die graag iets in de melk te brokkelen had), greep in.

Slovenië was duidelijk in het voordeel ten opzichte van Kroatië, er woonden weinig Serven en op 7 juli 1991 werden de laatste troepen uit het land verjaagd. Slovenië was een zelfstandige staat. De 'oorlog' kostte aan 18 mensen het leven en in december van hetzelfde jaar werd de Sloveense grondwet van kracht.

In 1989 werden de eerste oppositiepartijen in Kroatië opgericht, wat in 1990 resulteerde in de eerste algemene verkiezingen. Deze werden gewonnen door de HDZ, onder voorzitterschap van dr. Franjo Tuđman die tot de eerste president benoemd werd van de op 25 juni 1991 geproclameerde onafhankelijke republiek Kroatië. De vele Serven in het land kwamen daartegen in opstand, met name in het Krajinagebied. In hetzelfde jaar werd dan ook binnen de Kroatische grenzen de Servische Republiek Krajina uitgeroepen met Knin als hoofdstad. De republiek zou nooit erkenning genieten maar evengoed tot 1995 stand houden.

Kroatië was inmiddels al in 1992 door de internationale wereld erkend als zelfstandige staat en nam zitting in de Verenigde Naties. De vrijheidsstrijd kostte in Kroatië duizenden mensenlevens, zowel aan Kroatische als aan Servische zijde. De Serven ondervonden belangrijke steun van het Joegoslavische leger, waar sinds jaar en dag de sleutelposities door Serven werden ingenomen. Echter, ook de Kroaten vervulden hun plichten in het Joegoslavische leger nog steeds. In zo'n samenstelling kan geen enkel leger opereren. De Kroaten weigerden te strijden tegen hun eigen volk en kozen massaal de zijde van hun landgenoten.

Het Joegoslavische leger riep nu de hulp in van huurlingen uit het oosten. Daarmee werd ook nog eens een godsdienststrijd aangewakkerd en talloze kerken en andere gebouwen van cultuurhistorische waarde moesten het ontgelden. Het duidelijkste voorbeeld hiervan is waarschijnlijk Dubrovnik, dat, gelegen op een smalle strook land, een gemakkelijk doelwit was voor de Servische kanonnen die vanuit de bergen de stad onder vuur namen en veel van waarde verwoestten. In de gebieden waar de Serven een meerderheid hadden werden de Kroaten aanvankelijk onderdrukt en verdreven.

De aanwezigheid van UNO-troepen kon hieraan niets veranderen. Mentaal bleven de Kroaten overeind en de onderdrukking en verjaging door de Serven op en van hun grondgebied maakte het saamhorigheidsgevoel alleen maar groter. De strijd ging echter gewoon door, nog verder aangewakkerd door gevoeligheden omdat inmiddels ook in Bosnië-Herzegovina, direct grenzend aan de Krajina, een burgeroorlog was uitgebroken. De tegenstellingen op politiek, economisch, cultureel en godsdienstig terrein werden daardoor alleen maar scherper geaccentueerd. Een internationaal wapenembargo haalde niets uit.

Begin augustus 1995 had Tuđman zijn strijdkrachten in zoverre gereorganiseerd dat een aanval op de Krajina waarschijnlijk succesvol zou zijn. De Serven konden niet meer rekenen op hulp vanuit Bosnië en de Kroaten vielen de Krajina binnen. Hun veldtocht was degelijk voorbereid en de Serven sloegen massaal op de vlucht. Daarmee kwam een einde aan de Servische overheersing in sommige delen van het land en de rust keerde weer. De meeste Serven weken uit naar andere delen van Joegoslavië, waar ze, zo de geschiedenis inmiddels heeft geleerd, op dezelfde wijze hun superioriteit probeerden te bewijzen.

Het duurde tot 1998 alvorens Kroatië in zijn huidige vorm gestalte kreeg. Pas toen werd het bezette noordoostelijke deel van het land, met onder andere het zwaar gehavende Vukovar, onder toezicht van de VN aan de republiek toegevoegd. Kroatië bleef met de brokstukken zitten. De oorlog had vele duizenden mensen het leven gekost of verwond, ruim een half miljoen mensen moesten huis en haard verlaten om aan het oorlogsgeweld te ontkomen. De Kroatische economie had als gevolg van de burgeroorlog geweldige klappen gekregen. De toeristenindustrie was volkomen plat komen te liggen en kwam slechts moeizaam weer op gang. Gebouwen en fabrieken waren verwoest, vele wegen waren onbegaanbaar geworden. Veel van de verwoestingen waren aangericht door de Serven tijdens hun vlucht naar voor hen veiliger oorden. Ze pasten op grote schaal de 'techniek der verschroeide aarde' toe.

Met man en macht is eraan gewerkt om de toestand te normaliseren. Op sommige plaatsen zijn nog littekens zichtbaar, maar de voorzieningen zijn uitstekend, de rust in het land is weergekeerd en men doet er alles aan om de nog aanwezige verwondingen, veroorzaakt door de burgeroorlog als gevolg van de verzelfstandiging van het land, zo snel mogelijk te doen genezen. Littekens zullen nog generaties lang zichtbaar blijven.