Binnen zowel Brunei, Sarawak als Noord-Borneo leefden echter bezwaren tegen een samengaan. Men was vooral bang dat de gebieden zouden verworden tot nietszeggende aanhangsels van West-Maleisië. Na veel en intensief onderhandelen gingen in 1962 de bestuurders van Sarawak en van Noord-Borneo toch overstag. Hieraan werd wel een aantal voorwaarden verbonden. Zo zouden beide staten onder andere een eigen gedragslijn mogen voeren ten aanzien van immigratie, óók waar het burgers van West-Maleisië betrof. Verder moesten de bewoners van Sarawak en Noord-Borneo dezelfde rechten krijgen als de bumiputeras (zonen van de aarde) op het schiereiland.

De sultan van Brunei had om verschillende redenen geweigerd om tot de Maleisische federatie toe te treden. In zijn land heerste hij als een potentaat en dankzij enorme olie-inkomsten kon dat. Als hij en zijn land deel gingen uitmaken van Maleisië moest hij zijn macht delen met een aantal collega’s op het Maleisisch schiereiland en daar voelde hij niets voor. Bovendien was hij van mening dat hij belangrijker was dan de andere sultans omdat zijn voorouders in het verleden eveneens geheerst hadden over Sarawak en Noord-Borneo. Hierbij werd gemakshalve vergeten dat het beetje dat er nog over was van het eens zo machtige sultanaat in 1906 gered was door de Britten, die er destijds een resident aanstelden. Daardoor werd de toenmalige status quo gehandhaafd. Pas in 1959 werd er iets gedaan aan de autocratische wijze van regeren van de sultan. Toen werd er namelijk een grondwet geproclameerd.

In 1962 zouden er verkiezingen worden uitgeschreven. Als gevolg daarvan waren er politieke partijen ontstaan. Een van die partijen was de Partai Rakyat (volkspartij) onder leiding van Azahari. Hij en de zijnen droomden van een Groot Brunei, dat wil zeggen dat Sarawak, Sabah en Brunei weer één rijk zouden worden. Veel leden van de Partai Rakyat waren van mening dat het democratische proces een beetje te langzaam verliep. Mocht de sultan uiteindelijk toch besluiten om deel uit te gaan maken van de Maleisische federatie dan zou hun droom van een Groot Brunei in rook opgaan. Bovendien zagen de buren Indonesië en de Filipijnen een Maleisische federatie in de voorgestelde vorm volstrekt niet zitten.

Grote broer Indonesië beschouwde de federatie als een door de Britten gesteunde neokoloniale staat. Op historische gronden claimden de Filipijnen Sabah en ook zij gingen in de oppositie. Na zijn overwinning op de Nederlanders met betrekking tot de strijd om Nieuw-Guinea (het huidige Irian Jaya) zat de Indonesische president Soekarno met een groot leger, terwijl er geen vijand meer was. Om al die redenen ondersteunden zowel de Filipijnen als Indonesië de Partai Rakyat financieel. Toen bleek dat de sultan de resultaten van de verkiezingen naast zich neerlegde, sloeg de vlam in de pan. In de nacht van 7 op 8 december 1962 kwamen de aanhangers van Azahari in opstand tegen de sultan van Brunei. Die had echter Britse troepen tot zijn beschikking en die sloegen de revolte moeiteloos neer. Een golf van arrestaties volgde. Azahari ontsnapte omdat hij op het moment van de feiten in Manilla verbleef. Ineens had president Soekarno weer een doel voor zijn leger. Hij steunde Azahari en zijn aanhangers nu ook militair.

Dit mondde uiteindelijk uit in de zogenaamde Konfrontasi. Het Maleisische schiereiland werd aangevallen en geïnfiltreerd, Maleisische vissersboten werden tot zinken gebracht. De grenzen tussen Sabah, Sarawak en Kalimantan werden herhaaldelijk door Indonesische troepen overschreden. De Maleisische federatie vroeg en kreeg, militaire steun van de Britten en troepen uit andere delen van de Commonwealth, onder andere Australië. Pas toen Soekarno in 1965 door Soeharto ten val werd gebracht, kwam er een einde aan de vijandigheden. In Manilla werd Marcos verkozen tot nieuwe president. Hij was niet echt geïnteresseerd in Sabah. In augustus 1966 werd er een vredesverdrag gesloten tussen Indonesië en Maleisië. In juni volgde een soortgelijke overeenkomst met de Filipijnen.

Helaas bleek dat binnen de nieuwe staat de belangen van UMNO en PAP dermate verschillend waren, dat het tot een radicale breuk kwam. In 1965 besloten Maleisië en Singapore om uit elkaar te gaan.