Halverwege 1947 was er een tijdelijke economische terugval. Veel arbeiders en plantagepersoneel moesten een deel van hun loon inleveren en dat had op tal van plaatsen stakingen tot gevolg. De acties van de vakbondsmilitanten werden steeds gewelddadiger. Half juni 1947 escaleerde de situatie. Er werden vijf mensen vermoord, onder wie drie Europese planters. De maatregelen van de koloniale overheid waren rigoreus. De noodtoestand (emergency) werd afgekondigd. Het werd mogelijk gemaakt om mensen die lid waren van de MCP (Malaysian Communist Party) of die op een andere manier communistische sympathieën hadden zonder meer te arresteren om hen vervolgens zonder enige vorm van proces te detineren. Binnen zes maanden zaten bijna alle communisten achter de tralies. De communistische partij werd illegaal verklaard.

De reactie van de communisten was dat ze zich, net als tijdens de Japanse bezetting, terugtrokken in de jungle en een guerrillaoorlog begonnen. Hierbij steunden zij voor wat betreft hun bevoorrading op de Chinese plattelandsbevolking. Om deze Chinese boeren te controleren werden zij in het kader van een Resettlement Programme ondergebracht in speciale beschermde dorpen (New Villages). Contact met de guerrillas werd op die manier onmogelijk gemaakt. Ook de orang asli, de oorspronkelijke bewoners van het oerwoud, werden door de overheid meer en meer betrokken bij de strijd, hoofdzakelijk ter ondersteuning van het leger. Daarnaast kwam het toeval de Britten te hulp.

In 1950 brak de Koreaanse oorlog uit en als gevolg daarvan steeg de vraag naar rubber, tin en palmolie. Als reactie daarop gingen de prijzen van deze grondstoffen natuurlijk omhoog. Er volgde een periode van economische voorspoed voor iedereen en de ontevredenheid onder de bevolking was snel voorbij. Hiermee verdween ook veel van de steun en sympathie voor de communisten. Maar helemaal voorbij was het nog lang niet. In 1982 schatte men dat er nog zeker 2800 guerrillastrijders actief waren! Formeel gaven de communisten de strijd pas op in 1989.