De christelijke legers in Marokko veroorzaakten in het begin van de 16e eeuw veel religieuze tegenstand. De Portugezen kregen langs de Atlantische kust ook steeds meer voet aan de grond en kozen in 1505 Agadir als hun belangrijkste steunpunt. De Beni Saäd, een Arabische shorfa stam, verzette zich hier tegen vanaf 1511 onder leiding van Abou Abdallah Mohammed, de eerste heerser van de Saadische dynastie. Zijn zoon Ahmed al-Aradj bezette in 1525 Marrakech en verkoos deze tot hoofdstad. In 1541 veroverde hij Agadir op de Portugezen. De sultan van Fez riep de hulp van het Turkse leger in. Het Ottomaanse rijk was in die tijd de buurman van Marokko. Door de plunderingen van de Turken werd de hulp van de Saadiërs ingeroepen en zij veroverden in 1554 Fez.

Sultan Moulay Abdallahal-Ghalieb (1557-1574) zocht Spanje voor een bondgenootschap tegen de Turken, die bleven intrigeren. Zijn troonopvolger zou zijn broer zijn, maar zijn zoon vocht dit aan en betrok Portugal in dit conflict. Bij de slag der Drie Koningen in 1578 vielen drie vorsten: de Portugese koning Dom Sebastian, de broer en de zoon van de overleden sultan. Portugal werd direct door Filips II van Spanje geannexeerd.

Een andere broer Ahmed, die troonopvolger werd, kreeg de titel ‘el Man- sour’, de overwinnaar. Zijn regeerperiode van een kwart eeuw (1578 tot 1603) was de bloeiperiode van de Saadiërs. Hij had de Sahara-handel weer in handen, zodat slaven en goud naar Marokko kwamen. De slaven namen hun eigen volkscultuur mee, die invloed kreeg op de Marokkaanse cultuur. Door de rijkdom van de handel kon de Saadische dynastie mooie gebouwen neerzetten.

Omdat el Mansour de Turken vreesde, zocht hij buitenlandse bondgenoten zoals Spanje en Engeland.

Toen hij in 1603 overleed, ontstond er weer strijd om de opvolging. Spanje en Portugal bezetten de havens en er brak een burgeroorlog uit. In 1610 wist een zoon Fez te veroveren, terwijl een andere zoon in Marrakech gevestigd was, waardoor Marokko in twee rijken uiteenviel. Het was ook het jaar dat Nederland voor het eerst een handelsovereenkomst met Marokko sloot. Lokale machthebbers en religieuze broederschappen verzetten zich tegen de sultans.

In de Tafilalt regio rebelleerden afstammelingen van Ali (de neef van Mohammed) onder leiding van stamvader Moulay Ali Sherif tegen de in hun ogen decadente Saadische regering en heersten hier tot 1664.