De volkeren die zich in en rond het huidige Uganda gevestigd hadden, leefden volgens hun eigen, soms eeuwenoude tradities. Er was echter een volk, de Bacwezi, waarvan invloeden uitgingen naar vrijwel alle omringende volkeren. Ondanks het feit dat ze slechts korte tijd aan de macht waren, vrijwel alle na hen komende volkeren beweren direct of indirect nakomelingen te zijn van de Bacwezi. Ze waren (hoewel de legende anders verhaalt) afkomstig uit Ethiopië en bereikten, nét als de Batembuzi, Uganda via Soedan. Ze namen simpelweg de macht over van de Batembuzi, maar integreerden sterk in hun cultuur. Ook de taal van Batembuzi werd door de Bacwezi overgenomen.

De naam van Ndahura, grondlegger van de Bacwezi dynastie, werd alom gevreesd. Hij werd gevangengenomen tijdens een veldtocht in Noord-Tanzania, maar wist na korte tijd weer te ontsnappen. Hij zou echter nooit op de troon terugkeren. Zijn zoon Wamara volgde hem op, waarna een periode van betrekkelijke rust volgde. Ndahura verdween in het niets, niemand weet waar hij precies gebleven is. Hetzelfde gebeurde met Wamara, hij verdween simpelweg van het toneel, maar niemand geloofde in hun overlijden. De vorsten uit de Bacwezi dynastie gingen dan ook als onsterfelijk de geschiedenis in. Wellicht is dat een reden om te claimen afstammeling te zijn van de Bacwezi. De Bacwezi dynastie verdween met de verdwijning van koning Wamara.

Behalve door Batembuzi en Bacwezi werd het noorden van Uganda in dezelfde periode overspoeld door volkeren uit Soedan en de zuidelijke Nijlstreken. Ze verdreven de gevestigde Bantoevolkeren, waarna vooral het uit Zuid-Soedan afkomstige Madivolk een belangrijk stempel drukte op de verdere ontwikkeling van Noord-Uganda.

In het overige gedeelte van Uganda waren het vooral de Luo, een nilotisch volk, dat een grote rol speelde. De Luo kwamen van de hoogvlakten van Soedan en volgden de loop van de Nijl. Ze bereikten in de tweede helft van de 15e eeuw Uganda. Ze vestigden zich aanvankelijk in het noorden, oostelijk van de Nijl. Na een aantal jaren splitsten ze zich op in drie belangrijke groepen. Twee ervan trokken weg van de plaats waar ze Uganda binnengekomen waren. Eén groep trok over de Nijl en vestigde zich op de westelijke oever en het daarachter liggende land. De derde groep trok verder naar het zuiden en wordt verantwoordelijk gehouden voor het einde van de Bacwezi dynastie.

Er stond een nieuwe dynastie op: de Babiito. Grondlegger voor de Babiito dynastie was Rukidi, een buitenechtelijke zoon van Ndahura of een van diens nakomelingen. De belangrijkste raadgevers van de Bacwezi wezen, onder druk van de Luo, Rukidi aan als opvolger van Wamara. Moderne geschiedschrijvers nemen echter aan dat de Luo het rijk met geweld innamen en zorgden voor een belangrijke uitbreiding van het aantal volkeren. Kleine volkeren die door de loop van de tijd nauw waren gaan samenwerken onder één koninkrijk, claimden hun oude rechten. Uganda was weer verdeeld als ooit tevoren.

Algemeen gaat men ervan uit dat de Batembuzi en de Bacwezi direct en indirect verantwoordelijk zijn voor de Kitara keizerrijken die grote macht uitoefenden tussen 1350 en 1500. Niet alleen beïnvloedden ze de volkeren van Uganda, ook de omliggende landen Tanzania en R.D. Congo werden sterk in de Kitaracultuur betrokken. De invloed was zo sterk dat zelfs heden ten dage nog zeden en gewoonten uit die periode terug te vinden zijn, vooral overgebracht door Bunyoro en Nkore volkeren. De Bacwezi introduceerden de koffieteelt en men schrijft de komst van het Ankolerund toe aan de directe opdracht daartoe van koning Ndahura.

Nog steeds vormt het prachtige vee met de geweldige hoornen een vertrouwd beeld in het Ugandese landschap. Na de verdwijning van de Bacwezi dynasty kwam het huidige Uganda, mede door de invloeden van de Luo, min of meer van de grond.

De Baganda kunnen, samen met de al genoemde Banyoro en Nkoro, de Kooki en de Mpororo, als eersten verantwoordelijk worden gehouden voor de vorming van een Ugandese staat. Althans voor het zuidelijke en westelijke gedeelte ervan. Het Basogavolk leefde in het oosten en de Ankole samen met tientallen andere kleinere volkeren in het noorden.

Vanaf omstreeks 1450 kwam er, op initiatief van de Banyoro-Kitara, een soort samenwerkingsverbond tot stand. Niet alle volkeren werkten vrijwillig mee, maar de macht van de Banyoro, hoewel tanende, was nog groot genoeg om in veel gevallen medewerking af te dwingen. Daarbij werd de fout gemaakt om van de beoogde samenwerking een soort onderwerping te maken en steeds meer volkeren weigerden om als een soort buffer op te treden ten behoeve van de Banyoro-Kitara. Zo raakte men met elkaar slaags, wat vooral ten koste ging van de macht van de Banyoro-Kitara. De omringende volkeren hadden echter wel het een en ander op organisatorisch gebied opgestoken, zowel maatschappelijk als administratief. Met name het Bugandavolk maakte veel werk van een strakke organisatie en dat wierp vruchten af.

Behalve de volkeren die nog steeds Uganda bewonen, hebben ook de volkeren in de omliggende landen en in Rwanda en Burundi zich tussen 1450 en 1550 in het gebied geworteld. De overeenkomsten zijn treffend. In vele volkeren zijn tradities en levensstijl van de Bacwezi terug te vinden. Het Ankolevolk, nét als de Baganda ontstaan tussen 1450 en 1500, leeft het dichtst bij de oorspronkelijke tradities.

Algemeen wordt aangenomen dat de grondlegger van het huidige Buganda een nakomeling was uit de Babiito dynastie. Daar ligt dan ook het raakvlak met de Banyoro en de Ankole, allen zijn nakomelingen van Ndahura. De Banyoro bleven de belangrijkste rol voor zich opeisen tot aan het einde van de 17e eeuw. Dat was vooral te danken aan het feit dat ze het gebied het langst bewoonden en dat ze een min of meer democratisch bestel kenden. Hun omakuma (koning) werd geadviseerd door een raad van wijzen afkomstig uit alle delen van het rijk, aldaar aangewezen door de oudsten uit het betreffende gebied. De macht van de Banyoro werd echter mede bepaald door het feit dat ze zoutmijnen exploiteerden en daardoor een aantrekkelijke handelspartner vormden.

Tussen 1550 en 1750 breidde de macht van de Baganda zich als een olievlek uit en het volk kreeg grote invloed op de omwonende volkeren. Ze zouden, tot aan de kolonisatie door de Britten aan het einde van de 19e eeuw, hun leidende rol handhaven. Al een eeuw eerder, aan het einde van de 18e eeuw dus, knoopten de Baganda ‘buitenlandse betrekkingen’ aan. Deze bestonden in hoofdzaak uit contacten met handelaren die via Tanzania het land bereikten. Vooral de ruilhandel met het Nyamwezivolk was uiterst lucratief. Het ging dan in hoofdzaak om mensenhandel. De Baganda oefenden hun gezag indien nodig met geweld uit en het was een klein kunstje om mannen van vreemde volkeren gevangen te nemen en ze als slaaf te ruilen voor gereedschappen, keukengerei, kleding en vele voor de Baganda tot dan onbekende gebruiksvoorwerpen.

Gedurende die tijd werd ook het olifantenbestand in Uganda gedecimeerd. Buitenlandse handelaren kwamen, behalve om slaven, ook om de schier onuitputtelijke hoeveelheden ivoor die in Uganda schijnbaar voor het grijpen lag. De vraag naar ivoor werd groter naarmate er meer handelaren naar Uganda kwamen. Het hoogtepunt van de handel kondigde zich tegen het midden van de 19e eeuw aan toen Arabieren zich met de handel gingen bemoeien. Behalve geheel nieuwe voorwerpen brachten ze ook de islam naar Uganda. De Baganda hadden er geen oren naar totdat de Arabieren met geweren en andere wapens op de proppen kwamen. Met behulp van de nieuw verworven machtsmiddelen reikte de macht van de Baganda tot ongekende hoogte en ze namen de islam daarbij voor lief.