Problemen bleven dan ook niet uit. De provincies die onder gezag geplaatst waren van Buganda, vooral die waar de Banyoro woonden, kwamen het eerst in opstand. Die opstand was de directe oorzaak van het besluit van Obote een referendum te houden en daarin de volkswil van de Banyoro te peilen. De uitslag verbaasde niemand: 80% van de bevolking wilde weer terug naar Bunyoro. Er ontstond een breuk in de coalitie, maar die kon Mobote nauwelijks deren. Door zijn optreden had hij inmiddels voldoende steun buiten de coalitie om vast in het regeringszadel te zitten. De breuk met de kabaka van Buganda lag een stuk gevoeliger. Het leidde tot de zogenaamde ‘constitutionele crisis’ in 1966. Obote verklaarde op 2 februari van dat jaar de onafhankelijkheidsverklaring nietig en daarmee de rol van de kabaka. Op zijn beurt verzocht de kabaka om ingrijpen van de VN.

Obote gaf het leger opdracht om de koning gevangen te nemen. De paleiswacht werd tijdens een korte schermutseling overmeesterd. De ongeveer 2000 militairen die de positie van de kabaka verdedigden werden op trucks geladen en afgevoerd met onbekende bestemming. Er werd nooit meer iets van hen vernomen. Onbevestigde berichten doen het ergste vermoeden. Een aantal van de militairen zou van de Murchison watervallen gegooid zijn, de meesten van hen kwamen om in een massagraf waarin zij levend begraven werden. Mutesa II werd naar Groot-Brittannië verbannen waar hij in 1969 berooid en verbitterd overleed. De commandant van de militairen die het karwei klaarden was Idi Amin. Als blijk van waardering voor de vlekkeloze uitvoering van Obote’s opdracht werd Amin tot opperbevelhebber van de Ugandese strijdkrachten benoemd.

Er was, doordat de onafhankelijkheidsverklaring buiten werking was gesteld, een nieuwe grondwet nodig. Obote handelde dat razendsnel af en reeds in september 1967 werd de nieuwe grondwet ingevoerd. In het nieuwe bestel was geen ruimte meer voor een gekozen minister-president, Obote benoemde zichzelf tot president voor het leven. Uganda werd een republiek en alle koninkrijken werden afgeschaft en verboden. Het leger kreeg blanco volmachten bij het handhaven van orde en gezag. Uganda werd opnieuw ingedeeld, ditmaal in vier gewesten. Obote’s macht was ongekend en door zijn brute binnenlandse optreden wist hij lange tijd naar de buitenwereld de schijn van rust en stabiliteit hoog te houden.

In 1969 beleefde Uganda een nieuw politiek dieptepunt. Alle politieke partijen werden afgeschaft en verboden. Voorvechters voor de democratie, leden van de koninklijke families, intellectuelen, politieke en kerkelijke kopstukken, ze werden allen gevangengezet. Velen van hen kwamen om al dan niet na afschuwelijke folteringen.

Obote voerde, geholpen door zijn legerleiding, een schrikbewind dat zijn weerga niet kende. Hij was absoluut overtuigd van zijn macht en van de onvoorwaardelijke steun van het leger. Er waren weliswaar spanningen ontstaan tussen Obote en Amin, maar die werden door Obote als nietszeggend afgedaan. Er werd beweerd dat de beide machthebbers op zeker moment niet meer rechtstreeks met elkaar communiceerden, een situatie die Obote had doen ontstaan om Amin op zijn nietige betekenis te wijzen. Die arrogantie kostte Obote de macht.

Toen hij op 11 januari 1971 het land verliet om een vergadering van het Britse Gemenebest (tegenwoordig: Gemenebest van Naties) in Singapore bij te wonen, liet hij een memo achter voor Amin waarin hij hem om uitleg vroeg over de verdwijning van vier miljoen Amerikaanse dollars. Geld waarvan Obote dacht dat ze in de legerkas zaten, hetgeen niet zo bleek te zijn. Bovendien wilde hij een verklaring van Amin omtrent de moord op een hoge militair en zijn vrouw in Agula die een jaar eerder in opdracht van Amin scheen te zijn gepleegd. Het briefje maakte een einde aan het bewind van Obote. Amin wilde de gevraagde verklaringen niet afleggen. Een militaire coup, die zonder bloedvergieten verliep, betekende dat Uganda op 25 januari 1971 een nieuwe leider had.