Frankrijk bestreed de Britse ‘rechten’ maar Duitsland, dat eveneens grote belangen had in Afrika, steunde de Britten. Zo werd Uganda een Britse kolonie. Dat was nooit de bedoeling geweest van de oorspronkelijke bewoners en de koningen van Buganda en Bunyoro verzetten zich dan ook hevig tegen de onderwerping en het duurde tot 1894 alvorens de Britten Uganda daadwerkelijk als protectoraat konden inlijven. De Britse invloed was in de jaren die volgden, mede als gevolg van de handelsbetrekkingen die de Britten via Duitsland verworven hadden, echter inmiddels zo groot dat het betrekkelijk eenvoudig was om beide koningen gevangen te nemen en te verbannen naar de Seychellen.

De Britten raakten in de problemen door geldgebrek. De explosieve uitbreiding van het rijk kostte een vermogen en er kwamen steeds meer gebieden waar de Britten legers en bestuurders heen moesten sturen. De opbrengsten aan het begin van de kolonisatie waren gering in verhouding tot de enorme kosten waarvoor men zich geplaatst zag. Men bedacht een slim plan om dit op te lossen. De koninkrijken kregen, onder het toeziend oog van de Britten, een zekere mate van zelfbestuur. Hun legers kregen de belangrijke taak de orde te handhaven. Slechts in gevallen van oproer tegen het Britse gezag werd een legereenheid die uit Britten bestond op strafexpeditie gestuurd. Hun exercities gingen met zoveel geweld gepaard dat slechts weinigen het waagden om hun hand op te heffen tegen de Britten. Het bleef dan ook lange tijd rustig in Uganda.

De eerste echte onrust ontstond in de jaren twintig van de 20e eeuw. De Ugandese economie had, mede dankzij Britse inspanningen, een geweldige vlucht genomen. Ook landbouwtechnisch waren de Britten de Ugandezen ver voor en ze hadden al snel ontdekt dat de Ugandese bodem bijzonder vruchtbaar was, bij uitstek geschikt voor de verbouw van koffie, thee en katoen. De specifieke kennis omtrent de verbouw hiervan was weliswaar niet aanwezig bij de Britten, maar binnen hun geweldige rijk werden deze producten op grote schaal verbouwd. Er werd daarom kennis uit Azië geïmporteerd. Britse toezichthouders en Aziatische boeren zwaaiden de scepter over Ugandese boerderijen.

De Ugandese boeren, die onder Aziatisch en Brits gezag moesten werken kwamen daartegen in opstand. Men doorzag de situatie waarin alle rijkdommen in de zakken van buitenlandse overheersers verdwenen. Er ontstond een soort economische revolutie waarbij de Ugandese boeren een groter aandeel in de winst eisten. Daarnaast verlangden ze een deel van de oogst voor zichzelf, ze wilden deze zelf exploiteren en verkopen. Bovendien waren ze inmiddels uitstekend in staat om het geleerde in praktijk te brengen en zelf hun boerderijen te besturen. Ze eisten de aftocht van de Aziaten. De wereldeconomie stond echter onder grote druk en de Britten weigerden om zelfs maar over de eisen van de boeren te praten en herstelden met geweld de orde.

Het vuurtje van de ontevredenheid bleef ondergronds echter smeulen en in de volgende jaren hadden de Britten hun handen vol aan het handhaven van de rust. Het laaide heftig op in 1945 tijdens een bloedige opstand die slechts met veel moeite door de Britten kon worden onderdrukt.

In 1949 vond een tweede geweldsuitbarsting plaats en ditmaal moesten de Britten een geweldige stap terug doen. De Ugandezen eisten op de boerderijen toezichthouders uit hun eigen bevolking naast een belangrijk aandeel in de opbrengst van de oogst. De Tweede Wereldoorlog was ook in financieel opzicht niet aan Groot-Brittannië voorbijgegaan en men kon zich, ondanks de zich herstellende economie, weinig meer veroorloven. Behalve dat men de financiële middelen voor een groot militair ingrijpen niet bezat, speelde wereldwijde dekolonisatie een belangrijke rol. In de ogen van ‘de wereld’ speelde Groot-Brittannië daarin een grote rol. Militair ingrijpen zou derhalve ook een geweldig gezichtsverlies betekenen en juist vanwege het feit dat de Britten zich een rol van betekenis hadden toebedacht bij het herstel van de economie kon men zich dat allerminst permitteren.

De oplossing werd, naar men dacht, gevonden in een herindeling van het land. Er werden 18 provincies gevormd die elk een grote mate van zelfstandigheid toebedeeld kregen. In elke provincie voerde een bepaald volk de boventoon, althans dat was de bedoeling en geografisch klopte het allemaal zeer behoorlijk, maar de verschillen onder de bevolking bleven, naar welvaartsnormen gemeten, zeer groot. Buganda bleef het welvarende, protestantse middelpunt van een land waarin vele volkeren probeerden te overleven en die stuk voor stuk een deel van de welvaart van Baganda voor zich opeisten. Vooral in het noorden van het land was het zeer onrustig. Boze tongen beweerden dat de Britten met opzet de grote verschillen in stand hielden omdat ze nog steeds van mening waren dat Buganda hun te allen tijde zou steunen. Te veel macht in andere provincies zou het Britse gezag direct in gevaar brengen.

De Ugandese eisen werden zwaarder en zwaarder, hun invloed op het landsbestuur groter en groter. Het leidde tot de vorming van de eerste politieke partijen in de jaren vijftig van de 20e eeuw.

In feite was het kabaka Mutesa II die de knuppel in het hoenderhok gooide. Hij probeerde een verbond te sluiten met Kenia en Tanzania. Daar waren de Britten allerminst voor te porren. Het koninkrijk Buganda doorkruiste in een later stadium de plannen die tot een onafhankelijk Uganda zouden moeten leiden door een zelfstandige staat te eisen. De Britse gouverneur, Sir Henry Cohen, weigerde om daarover te onderhandelen. De Britten deden er echter alles aan om de goede verstandhouding met de Baganda niet te verstoren, daarbij rekenend op de onvoorwaardelijke steun van de zijde van Buganda. Dat zou een inschattingsfout van de eerste orde blijken te zijn.

Voor de buitenwereld was Groot-Brittannië duidelijk bezig om van Uganda een zelfstandige staat te maken. Met de eis van Buganda zag het echter kans om het moment van zelfstandigheid voor geheel Uganda voor zich uit te schuiven, waardoor het de macht op betrekkelijk eenvoudige wijze kon blijven uitoefenen. Het was dus niet het opstandige en politiek onrustige noorden, het waren uitgerekend de Baganda die zwaarder aan de Britse nek gingen hangen.

De Britten besloten een daad te stellen, zetten Mutesa II af en verbanden hem naar Groot-Brittannië in november 1953. Hoewel Mutesa II allerminst geliefd was bij zijn eigen volk, laaiden er vele proteststemmen op. Wat hem in al die jaren van zijn regeerperiode niet was gelukt, lukte de Britten: Mutesa II werd in zijn land gezien als nationale held en martelaar voor de vrijheid van het land. Het volk, en niet alleen de Baganda, riep massaal om zijn terugkeer.

Teneinde de rust te herstellen onderhandelden de Britten met het grootste volk van Uganda over een grotere invloed op bestuurlijk terrein. Dat leidde inderdaad tot een nieuw akkoord met Buganda, waarin onder andere ook was geregeld dat zwarte Ugandezen (Baganda) zitting konden hebben in het parlement. Het akkoord werd op 18 oktober 1955 ondertekend. Mutesa II keerde terug naar zijn land. De invloed van de Baganda op het binnenlandse bestuur bleek inderdaad bijzonder groot. Mutesa II had uitsluitend de belangen van Buganda voor ogen en de Britten maakten daar handig gebruik van door alleen de eisen van de Baganda te honoreren. Dat dit tot nieuwe onrust leidde in de andere provincies, laat zich raden.

De petities die de Banyoro in grote hoeveelheden naar de Britse overheersers zonden met het verzoek om de provincies die eigenlijk tot het rijk Bunyoro behoorden aan hen terug te geven, werden systematisch geweigerd onder verwijzing naar het akkoord met Buganda uit 1900. Het akkoord kon niet eenzijdig worden opengebroken ten faveure van Bunyoro. De hele geschiedenis zou bekend worden als ‘de zaak van de verloren provincies’. De weigering zou tijdens de burgeroorlogen in latere jaren verstrekkende gevolgen hebben. De eerste tekenen van opstand werden zichtbaar tijdens de oprichting van een ‘niet-Baganda partij’, de UPU (Uganda People’s Union) in feite een verbond van de Ugandese volkeren tegen de Baganda.