Natuurlijk wilde Groot-Brittannië meer en met Buganda als uitvalsbasis werd aan omliggende volkeren met behulp van de goed getrainde militaire eenheden eenzelfde verdrag opgedrongen. Deze militaire eenheden bestonden overigens niet uitsluitend uit Britse militairen. Veel Baganda traden toe tot het goed betalende Britse leger of werden toegevoegd aan Soedanese eenheden die al onder Britse aanvoering stonden. Het resultaat was dat een aantal eenheden uitsluitend uit Soedanese en Baganda militairen bestond. De leiding berustte altijd bij een Britse militaire staf. Het spreekt voor zich dat de volkeren rond Buganda geen weerwoord hadden en geleidelijk ontstond het huidige Uganda wat in september 1894 geheel onder Britse bescherming kwam te staan.

De laatste die zich heftig tegen de Britten verzette was omakuma Kabalega, als aanvoerder van een groot Bunyoroleger dat zich had verschanst in een fort nabij Hoima. De nederlaag was echter verpletterend en duizenden Banyoro kwamen om. Omakuma Kabalega zag echter kans om te ontsnappen en week uit naar het huidige Alcholi van waaruit hij een weinig succesvolle guerrilla tegen de Britten voerde. Het Britse protectoraat was een feit.

Kabaka Mwanga ging zich door de expanderende macht van de Britten steeds onbehaaglijker voelen. Hij zon, samen met een aantal vertrouwelingen, op een methode om de Britse invloeden een halt toe te roepen, maar de enige manier leek te bestaan uit een gewapend ingrijpen. Mwanga kreeg inderdaad een legertje op de been maar was uiteraard evenmin een partij voor de Britten. Hij moest vluchten en kwam in Duitse gevangenschap terecht. Hij slaagde er echter in te ontsnappen en zich bij zijn vroegere aartsvijand Kabalega te voegen. Samen probeerden ze het de Britten moeilijk te maken. In 1899 werden beide vorsten echter door de Britten gevangengenomen en naar de Seychellen verbannen. Mwanga overleed daar in 1903, Kabalega in 1923.

De onderwerping van het derde grote volk, de Ankole, was voor de Britten een peulenschil. De Ankole waren afhankelijk van de veeteelt. In de jaren zeventig van de 19e eeuw verloor het volk echter bijna de gehele veestapel na het uitbreken van een runderpestepidemie. In de daaropvolgende jaren werd ook de bevolking nog eens gedecimeerd door pokken, tetanus en vlooienpest. In 1895 werd hun gebied dan ook eenvoudig aan het Britse protectoraat toegevoegd.

Teneinde de Ugandese bevolking milder te stemmen besloten de Britten om oude gezagsverhoudingen te herstellen. Nadat ze Mwanga officieel hadden afgezet en verbannen, benoemden ze diens 1-jarige zoon Chwa tot kabaka van Buganda. Hij werd terzijde gestaan door een drietal protestantse districtshoofden die door de Britten werden aangewezen. Het mag duidelijk zijn dat de Britten daadwerkelijk de macht uitoefenden. Ook in Bunyoro handelde men op deze wijze. Daar werd, in 1898, een 12 jaar oude zoon van Kabalega tot koning gekroond. Vreemd genoeg wenste deze niet door de Britten gemanipuleerd te worden en hij werd dan ook op 16-jarige leeftijd wegens onbekwaamheid weer aan de kant gezet. Hij werd opgevolgd door zijn broer Duhaga II. Deze danste wel naar Britse pijpen, maar was weinig populair bij de bevolking. De Ankole kregen eveneens een teenager-koning: de zoon van de in 1895 overleden omugabe Ntare. Alleen Toro, het vierde gebied van betekenis dat deel uitmaakte van het protectoraat, kreeg een door het Britse bestuur aangestelde vorst.

In vrijwel alle gebieden kregen de protestanten grote zeggenschap. Moslims en rooms-katholieken werden van belangrijke posten ontheven. Om eenheid in het bestuur te krijgen waren vrijwel alle nieuw benoemde machthebbers afkomstig uit Buganda. Hoewel zij het best getraind waren en de meeste ervaring op organisatorisch en bestuurlijk gebied hadden, werden de andere volkeren daar niet vrolijk van.

Opnieuw was er dus een overheersende rol weggelegd voor Baganda, ditmaal zo bevolen door de Britse overheid en die invloed strekte zich uit over geheel Uganda. De leidende positie van Buganda werd vastgelegd in het zogenaamde ‘Buganda akkoord’, in maart 1900 gesloten tussen de nieuwe Britse gouverneur Sir Harry Johnston en de inmiddels 4 jaar oude kabaka. Het akkoord behelsde de opdeling van het land in provincies, waarin centrale administraties werden belast met de inning van de belastingen. Er werd afgezien van verdere uitbreiding van het land, waardoor de buurlanden die nog niet onder Britse bescherming stonden, ook daadwerkelijk gevrijwaard waren van Britse aanvallen. Aan de kabaka werden grotere bevoegdheden toegekend en belangrijke delen van Bunyoro werden onder het gezag in Buganda geplaatst. Later zou dit besluit tot grote onrust leiden onder de Banyoro in de geannexeerde gebieden. Zij zouden zich altijd als Bunyoro blijven beschouwen.