Enkele leden van dat kabinet kwamen in 1959 in opstand tegen de vele privileges die aan Buganda waren toegekend. Zo bestond het dat een nieuwe partij het levenslicht zag, in hoofdzaak gericht tegen de Baganda, de UPU (Uganda People’s Union) die later nauw zou gaan samenwerken met de in 1960 van de UNC afgescheiden UPC (Uganda People’s Congress). Deze UPC ging ook een samenwerkingsverband aan met de KY (Kabaka Yekka) die zich ten doel stelde de Baganda maximale zeggenschap te geven. Kabaka Yekka betekent letterlijk ‘leve de koning’, maar werd door politieke tegenstanders ‘kill yourself’ genoemd. De partij had zich ten doel gesteld om de krachten van protestanten en Baganda te bundelen teneinde een tegenwicht te vormen tegen de toenemende invloed van moslims en rooms-katholieken. Vooral de laatstgenoemde groep heeft het zwaar te verduren gehad.

In oktober 1961 werden algemene verkiezingen gehouden die, als gevolg van het toegepaste evenredigheidsbeginsel, door de Baganda geboycot werd. De boycot werd een groot succes, maar de uitslag was een ramp voor de UPC en de KY. De DP won, zodat een rooms-katholiek in de persoon van Benedicto Kiwanuka de eerste minister-president van Uganda werd. Met de onafhankelijkheid, gepland voor 1962, in het vooruitzicht was dat een eclatante overwinning voor een groepering die systematisch buiten de politieke invloedssfeer gehouden was. Het zou de enige daad van betekenis zijn die de rooms-katholieken ooit stelden.

Tijdens de verkiezingen in april 1962, direct voorafgaand aan de onafhankelijkheid, sloten UPC en KY het al gememoreerde samenwerkingsverband met als belangrijkste doel te voorkomen dat een rooms-katholiek de eerste president zou worden van een onafhankelijk Uganda. Het plan, hoe bizar ook (UPC en KY hadden niets anders gemeen dan hun antipathie tegen de rooms-katholieken), werkte en de UPC kwam als duidelijke overwinnaar uit de bus met 43 zetels tegen 24 voor zowel de KY als de DP. Apolo Milton Obote, sinds de oprichting leider van de UPC, werd de eerste president van een onafhankelijk Uganda.