Zwitserland was al snel een centrum van de protestantse hervorming. Ulrich Zwingli verspreidde de leer vanuit Zürich, Calvijn vanuit Genève. De steden namen de nieuwe leer snel over, maar het platteland verzette zich hevig. Aanvankelijk werd de vrede bewaard doordat katholieken en protestanten bereid waren compromissen te sluiten. In 1531 kwam het tot een gewelddadig conflict. Ulrich Zwingli werd met zijn aanhangers bij het plaatsje Kappel verslagen en liet het leven op het slagveld. De godsdiensttwisten stonden de eenheid van Zwitserland in de weg, een eenheid die toch al had geleden door de oorlog in Italië. Tot in de vroege 18de eeuw zou het leven van Zwitserland worden gedomineerd door de religieuze tegenstellingen. Alleen de gemeenschappelijke economische belangen voorkwamen dat de confederatie uiteenviel.