In 1558 besloot Lima tot de oprichting van de Audiencia (koninklijk hof) de Charcas met bestuurlijke, rechterlijke en uitvoerende macht. Het hof kwam te staan in Chuquisaca (La Plata). Aanvankelijk lieten de Spanjaarden de lokale bevolking hun gang gaan. De landelijke gebieden kregen lokale autonomie en kozen zelf hun jilacatas (bestuurders). Dezen stonden onder de lokale kurakas (nobelen), die uiteindelijk verantwoording moesten afleggen bij de Spaanse machthebbers. De hoge belastingen konden veelal niet opgebracht worden en veel kurakas verloren zo al hun bezittingen. Later eisten de Spanjaarden meer directe macht op door middel van de invoering van Spaanse koninklijke beambten (corregidores), gehate corrupte belastinginners die bovendien de lokale bevolking dwongen zelf geïmporteerde Spaanse goederen bij hen te kopen.

De hervormer Francisco Toledo (1572-1576)

Met de komst van Francisco Toledo in 1572 werd een nieuwe bestuursvorm geïntroduceerd. Zijn hervormingen zorgden voor een totale verandering van de sociale en economische organisatie van het Spaanse bestuur in Alto Perú. Ten eerste verplichtte hij de geïsoleerd en verspreid wonende indianen in nieuwe, naar Spaans model ontworpen steden of dorpen (Reducciones) te gaan wonen. De Spanjaarden konden zo de indianen beter controleren, makkelijker bekeren tot het katholicisme, Spaanse normen bijbrengen en bovendien efficiënter belasting innen. De comunidad indígena (inheemse gemeenschap) die de Andes vandaag de dag kent, stamt van Toledo af. Daarnaast brak Toledo de macht van de encomenderos (belastinginners) en zorgde ervoor dat de belastingen nu direct naar de Spaanse Kroon gingen. Bijdragen moesten voortaan in muntgeld betaald worden en niet meer in goederen. Dit zorgde ervoor dat de indígenas nu aan geld moesten zien te komen door arbeid in dienst van Spanjaarden of door verkoop van hun goederen op de Spaanse markten. Het resultaat was dat de inheemse bevolking geïntegreerd werd in de Spaanse economie. Ten slotte voerde Toledo de gevreesde koloniale Mita in; indígenas tussen Potosí en Cusco werden verplicht een jaar in de mijnen te werken op basis van rotatie; drie weken werken, drie weken vrij. Dit tegen een kleine compensatie. Toledo drukte zo de hoge arbeidskosten en zorgde voor een opleving in de mijnindustrie die tot 1650 zou duren. Echter tegen een zeer hoge prijs; veel mijnwerkers verloren het leven in de mijnen als gevolg van de buitengewoon slechte arbeidsomstandigheden en Europese ziektes.

Geloof in de 16e eeuw

Om loyaliteit te garanderen aan de Spaanse staat van zowel de kolonisten als de inheemse bevolking, bevorderde de Spaanse Kroon de introductie van het katholieke geloof. Met de komst van de eerste Spaanse kolonisten in 1538 arriveerden de geestelijken om de indianen te bekeren tot het christendom. De indígenas gingen toch door met hun inheemse godsdienst onder de bescherming van de lokale leiders en zo ontwikkelde zich een volkskatholicisme vermengd met symbolen van de inheemse religie. In 1582 stond de aartsbisschop van La Plata toe dat de indianen een heiligdom voor de donkere Heilige Maagd, La Virgen de Copacabana bouwden aan de oevers van Lago Titicaca. Deze Maagd werd het belangrijkste religieuze symbool van Alto Perú. In 1675 werden in de oostelijke laagvlaktes in Moxos en Chiquitos de eerste jezuïetenmissies gesticht die tot doel hadden de inheemse bevolking te bekeren en bovendien onderwijs te geven aan de lokale bevolking in onder andere landbouw, handwerk, schilderen, muziek en dansen. De Spanjaarden mochten niet in de missies komen en na verloop van tijd beschouwden zij de jezuïeten als een gevaar voor hun eigen belangen. Na een eeuw werden de jezuïeten dan ook verdreven.

Neergang en opbloei van de zilvermijnen tijdens de 17e en 18e eeuw

Rond 1630 kende Potosí zijn ‘zilveren eeuw’, een economische bloeitijd, en had een bevolking van 160.000 inwoners. In het midden van de 17e eeuw nam de productie van zilver echter spectaculair af; de rijkere zilveraders aan de oppervlakte raakten op en men moest dieper gaan graven. Bovendien werd Mexico in deze tijd een belangrijk zilver-producerend land. De mijnbouw bloeide weer op in het midden van de 18e eeuw door maatregelen van de Spaanse kroon zoals verlaging van de belastingen.

Indianenopstanden (1780-1782)

Als gevolg van de grove uitbuiting van de inheemse bevolking door de kolonisten braken tussen 1780 en 1782, tijdens de hoogtepunten van economische en sociale opleving, diverse opstanden uit. Een door Túpac Amaru geleide opstand in Cusco (Peru), waaraan 100.000 inheemse rebellen deelnamen, werd echter neergeslagen en Túpac Amaru werd later geëxecuteerd. Het doel van de opstand was een autonome regio met lokaal bestuur en vrij van de Spanjaarden. Dit vormde de aanleiding voor een opstand in Chayanta vlak bij Potosí, en in hetzelfde jaar veroverde de neef van Túpac Amaru, Andres, de hele oostkust van het Titicacameer. In januari 1781 nam Tomás Catari, een machtige kurakas, na een gevecht van drie maanden de stad Sorata in, waarbij alle Spanjaarden werden vermoord. Vervolgens ging hij door naar La Paz waar hij met Julian Apaza, alias Túpac Catari, La Paz belegerde. Dit beleg werd na 100 dagen opgebroken door troepen uit Buenos Aires en Túpac Catari werd gevangengenomen en berecht.