Het economisch gezien ergste gevolg van de oorlog was misschien wel de enorme vluchtelingenstroom. De helft van de bevolking had huis en haard verlaten, waardoor de hele samenleving ontwricht raakte. Families hadden vaak jaren nodig om elders een nieuw bestaan op te bouwen.

Het akkoord van Dayton creëerde twee entiteiten. Dat werkt als een rem op de vestiging van nieuwe bedrijven, omdat deze als ze in beide willen opereren te maken krijgen met verschillende wetgeving. Een transportbedrijf of busonderneming die de grens wil oversteken heeft in beide entiteiten vergunningen nodig met al het papierwerk van dien.

Ook de onwil van politici om samen te werken doet de economie geen goed. Op tal van posten zaten en zitten nog extreme nationalisten, die alles blokkeren wat naar samenwerking riekt. De hoge vertegenwoordiger van de Verenigde Naties maakte enkele malen van zijn recht gebruik om dit soort lieden te ontslaan. Het gebrek aan samenwerking tussen de entiteiten vormt nog steeds een van de belangrijkste obstakels voor Bosnië om tot de Europese Unie toe te treden.