Aanvankelijk kreeg de NAVO de taak om militair toezicht te houden op de naleving van het akkoord. Het eerste jaar moesten de 60.000 militairen van IFOR (Implementation Force) ervoor zorgen dat de strijdende partijen hun wapens neerlegden. Zijn opvolger SFOR (Stabilization Force) kreeg al meer burgerlijke taken. In december 2004 is het commando door de Europese Unie overgenomen en sindsdien heet de macht EUFOR. De troepenmacht wordt steeds verder afgebouwd, eind 2007 waren er nog 2500 soldaten. De negentig overgebleven Nederlandse militairen zitten in kleine observatieteams in Livno, Mrkonjic Grad en Drvar en op het EUFOR-hoofdkwartier in Sarajevo. De grote bases ‘Dutch Base Bugojno’ en ‘Metal Factory Banja Luka’ zijn inmiddels gesloten. De Belgen hadden tot 2006 drie helikopters met bemanning in Mostar. Naast de militaire macht heeft de internationale gemeenschap ook een politiemacht in Bosnië. De EUPM (European Union Police Mission) is de opvolger van de IPTF (International Police Task Force) en heeft als belangrijkste taak een duurzame multi-etnische Bosnische politiemacht op te bouwen.

Een van de belangrijkste uitgangspunten van Dayton is het principe dat alle vluchtelingen naar hun oorspronkelijke woonplaats moeten kunnen terugkeren. De vluchtelingenorganisatie van de VN, de UNHCR, moet de terugkeer van vluchtelingen coördineren. Mensen die terugkeren naar gebieden waar hun etnische groep in de minderheid is, kunnen echter slachtoffer worden van geweld en discriminatie. Veelal gaat het om verbaal geweld en discriminerende bejegening in gemeentes en op scholen. Maar ook fysiek geweld komt voor, zoals een aantal malen bij de herbouw van moskeeën. Door nieuwe wetgeving kan steeds beter worden opgetreden bij dit soort incidenten.

De Organisatie voor Veiligheid en Samenwerking in Europa (OVSE) kreeg in het Dayton-akkoord de opdracht om politiek vertrouwen tussen de bevolkingsgroepen en de entiteiten te scheppen. Tot 2002 organiseerden ze de verkiezingen en daarna stuurden ze waarnemers. Daarnaast bemoeiden ze zich onder meer met onderwijsprogramma’s.

Sinds het Dayton-akkoord zijn er verschillende hervormingen doorgevoerd om het land beter te laten functioneren. Een schijnbaar kleine, maar betekenisvolle stap was de invoering van nummerborden voor auto’s, waaraan niet te zien is uit welk deel van het land iemand afkomstig is. Voor de nummerplaten worden alleen de letters gebruikt, die in het Cyrillische en Latijnse schrift identiek zijn. Dit vergrootte de bewegingsvrijheid van de Bosniërs in hun eigen land aanzienlijk. Ook belangrijk was de invoering van een stabiele munt. De convertibele mark (KM) verving in 1998 de Bosnische dinar. De munt was gekoppeld aan de Duitse mark, die in de oorlog al op grote schaal werd gebruikt, en nu aan de euro.

In 2002 werd het Mrakovica-Sarajevo akkoord over een aantal grondwettelijke veranderingen gesloten, na moeizame onderhandelingen naar aanleiding van een uitspraak van het constitutionele hof. In de grondwet werd het principe opgenomen dat Bosnië drie constituerende bevolkingsgroepen heeft. Hiermee werd de politieke vertegenwoordiging geregeld van de drie bevolkingsgroepen in die gebieden waar zij een minderheid vormen. Zo moeten nu bijvoorbeeld Bosnjakken in het parlement van de Republika Srpska worden opgenomen en Serven in het parlement van de Federatie. Dankzij de wijziging mocht Bosnië-Herzegovina toetreden tot de Raad van Europa.

Voordat Bosnië-Herzegovina een efficiënt functionerende staat kan worden, zal Dayton ingrijpend moeten worden herzien. Ook intern gaan veel stemmen op voor een plan, waarbij Bosnië wordt opgedeeld in vijf multi-etnische economische regio’s. Die plannen stuiten voornamelijk op weerstand in de Republika Srpska. Maar langzaam begint het besef door te dringen dat de huidige situatie met twee staten in een staat onhoudbaar is. Servische en Kroatische nationalisten zijn voor een definitieve opdeling van Bosnië-Herzegovina en aansluiting bij hun respectievelijke moederlanden. De Bosnjakken en de meer gematigde Serven en Kroaten willen een beter geïntegreerde staat. De internationale gemeenschap ondersteunt nadrukkelijk de laatste groep. De Europese Unie wil pas toetredingsonderhandelingen beginnen als de entiteiten worden opgeheven.