Het middelbare onderwijs, gegeven aan ruim 1200 scholen, voorziet verder in opleidingen van algemeen vormend en technisch onderwijs. Helaas zijn die scholen sterk geconcentreerd in stedelijke agglomeraties, waardoor kinderen op het platteland vrijwel van vervolgonderwijs verstoken zijn. Er wordt dan ook naar gestreefd een grotere spreiding te bewerkstelligen. Om dat doel te bereiken is Uganda opgedeeld in bijna 850 ‘onderwijsdistricten’. In elk ervan moet op korte termijn een middelbare school geopend worden. Helaas speelt ook hier het tekort aan leerkrachten een remmende rol, zodat er nog enige tijd nodig zal zijn om dit ambitieuze plan te verwezenlijken. Momenteel volgt ongeveer 20% van de daarvoor in aanmerking komende jongelui secundair onderwijs. Dit onderwijs is niet gratis, tenzij de leerling tot de besten van de klas behoort. Middelbaar onderwijs duurt vier jaar, de eerste twee jaar is de leerling junior, de laatste twee jaar senior. Daaraan aansluitend kan nog twee jaar vervolgonderwijs gevolgd worden waarop een studie aan de universiteit aansluit. Het aantal kinderen dat onderwijs volgt is het sterkst geconcentreerd rond grote plaatsen zoals Kampala en Jinja.

Jaarlijks verlaten ongeveer 65.000 leerlingen het middelbaar onderwijs. Een deel van hen, ongeveer 35%, stroomt door naar een universiteit. Dat is het maximum aantal wat mogelijk is, er zijn gewoon niet meer plaatsen. Loting is in veel gevallen de enige oplossing, zowel voor de mogelijkheid tot plaatsing, als voor de richting waarin men zich wil bekwamen. Studenten die niet in aanmerking komen voor plaatsing kunnen (soms) met subsidie, uitwijken naar het buitenland. Ze kunnen soms in omliggende landen terecht, met name in Kenia. De belangstelling daarvoor is echter niet zo groot omdat de universiteiten in Uganda aanmerkelijk hoger worden gewaardeerd dan die in omringende landen. Een enkeling heeft geluk en kan naar Europa om te studeren. Er zijn 8 universiteiten die vanuit de overheid worden geleid, waaronder de Universiteit voor Wetenschap en Techniek in Mbarara. De Makarere Universiteit in Kampala is de grootste. Meer dan 90% van de studenten gaat daarheen. Er bevinden zich ook universiteiten in onder andere Gulu, Kabale en Soroti. Verder is er een twaalftal, eveneens erkende, universiteiten die vanuit een religie zijn ontstaan.