De nationale luchtvaartmaatschappij van Uganda heet Uganda Airlines. Het bedrijf onderhoudt lijndiensten met (o.a.) Nairobi en Mombasa (Kenia), Dar es Salaam en Zanzibar (Tanzania) en Kigali (Rwanda). Omgekeerd vliegen vliegtuigen vanaf deze bestemmingen naar Uganda. Vele maatschappijen onderhouden indirecte lijndiensten met Entebbe.

Voor binnenlandse vluchten bent u aangewezen op chartermaatschappijen die alle een vertegenwoordiging hebben op het vliegveld van Entebbe. De meeste hebben eveneens een kantoor in Kampala. Er is een behoorlijk aantal landingsstrippen in het land, in hoofdzaak geschikt voor kleinere vliegtuigen. U vindt ze in Tororo, Moroto, Soroti, Lira, Gulu, Chobe, Pakuba, Kasese en Mbarara. In of nabij de belangrijkste nationale parken zijn eveneens landingsstrips aangelegd. Voor het Queen Elizabeth n.p. vliegt u naar Masindi, voor het Murchison Falls n.p. naar Paraa en voor het Kidepo n.p. naar Katarum.