Boston werd opgericht in 1630 door kolonisten uit Engeland. Zij hadden voornamelijk het Puriteinse geloof en pasten dit streng toe. Mensen die het daar niet mee eens waren vluchtten weg uit het de stad en stichtten hun eigen dorpen er om heen. De stad Boston heeft een grote invloed gehad op de hedendaagse cultuur van de Verenigde Staten. Zo werd in 1635 de eerste school van Amerika in de stad opgericht, de Boston Latin School en een jaar later volgde de universiteit Harvard.

Ook werden de eerste vuurtjes voor de Amerikaanse Revolutie aangewakkerd in Boston. De Amerikaanse Revolutie was een politiek keerpunt gedurende de 18e eeuw. De Amerikaanse koloniën besloten toen dat ze niet langer onder Brits gezag wilden vallen en kwamen eensgezind in opstand tegen de Engelse bezetting. De Britten probeerden krampachtig de macht te behouden en stuurde militaire troepen naar het gebied, die Redcoats (Roodjassen) werden genoemd om de opstandelingen in te tomen. De Amerikaanse kolonisten vochten echter terug en deze periode werd later de Amerikaanse Revolutie genoemd.

Er vonden met het oog op deze revolutie een aantal gebeurtenissen plaats in en rond Boston die de kolonisten pas echt strijdbaar maakten. De eerste was de Boston Massacre in 1770. Daarbij werden vijf kolonisten gedood door Britse soldaten, nadat deze waren bekogeld met stenen en ingesloten door een mensenmassa. De tweede was de Boston Tea Party, waarbij kolonisten overgingen tot het vernietigen van vrachten thee op drie Britse schepen. Er volgde daarna een massale opstand. De stad is toen lange tijd het middelpunt geweest van de Amerikaanse Revolutie, tot 1777 toen de Britten de laatste stad, Philadelphia, opgaven. Boston bloeide daarna op en stond bekend om de internationale handel van sterke drank, tabak, vis en zout.

Aan het begin van de 19e eeuw werd Boston sterk beperkt in haar handelspositie. Een nieuwe wet en de Oorlog van 1812 zorgden ervoor dat de bewoners nieuwe mogelijkheden zochten. Deze vonden ze in het vervaardigen van (industriële) producten, waaronder kleding en leer.

Boston bleef in een economische opwaartse spiraal en stond al snel bekend als een elitaire stad waar vooruitstrevende ideeën op het gebied van kunst en literatuur vandaan kwamen. De bevolking van de stad nam snel in aantal toe en werd door de toeloop van vele immigranten multicultureel. Vooral Ieren kwamen in groten getale naar het gebied toen een hongersnood in hun eigen land bijna een miljoen mensen trof.

In 1872 verwoestte een enorme brand een groot deel van de stad, waarna al snel de wederopbouw begon. Er werden delen land gewonnen aan de kust en de stad nam in omvang toe. Daarnaast werden een aantal omliggende plaatsen toegevoegd aan de stad.

Aan het eind van de 19e eeuw maakte de anti-slavernij beweging zijn opmars en was Boston al snel één van de eerste steden waar geen enkele slaaf meer werd gehouden. Ook daarmee was Boston weer een voorloper, want de wens van slaven om vrij te zijn leidde tot een grote burgeroorlog. Deze Civil War was een oorlog tussen de zuidelijke en de noordelijke staten, waarbij het wel of niet in stand houden van de slavernij de spil was. Deze Civil War duurde van 1861 tot 1865 en had als resultaat dat de noordelijke staten, ook wel de Union genaamd, wonnen en slavernij werd afgeschaft. Daarna begon een lang proces van hereniging.

In de 20ste eeuw ging Boston door een depressie. Veel fabrieken sloten en verhuisden naar goedkopere locaties en de wijken en buurten vervielen. Er werden een aantal projecten in het leven geroepen om de stad op te knappen en nieuwe huizen te bouwen. Dit had effect en rond de jaren ’70 was Boston weer in eer hersteld en was aantrekkelijk voor investeerders. De vele hoogstaande universiteiten trokken studenten aan, die na hun studie bleven werken in Boston en al snel was Boston weer een welvarende stad. Tegenwoordig is Boston leidend op het gebied van educatie, zorg, financiën en technologische industrie.

Een dramatische gebeurtenis op 15 april 2013 heeft de stad, en de Verenigde Staten opgeschrikt. Tijdens de Boston Marathon brachten twee jonge mannen een tweetal bommen tot ontploffing waarbij honderden mensen gewond raakten en drie doden vielen. De twee mannen zijn opgepakt, waarbij één de dood vond en één in afwachting is van zijn proces. Tot op heden is de precieze reden van hun daad onduidelijk.