Het grootste deel van Bosnië-Herzegovina wordt ingenomen door de Dinarische Alpen, de zuidoostelijke voortzetting van de echte Alpen. De Dinarische Alpen zijn bij hun verbinding met de Sloveense Alpen nauwelijks zestig kilometer breed. Ze waaieren breed uit naar het zuidoosten en bedekken zo tweederde van Bosnië en het grootste deel van Kroatië, Montenegro en Albanië. Ze sluiten aan op het Balkan-gebergte van Macedonië, Bulgarije en Griekenland. De Dinarische Alpen omsluiten samen met de Karpaten de enorme Pannonische laagvlakte, die zich uitstrekt over delen van Hongarije, Servië en Kroatië. Ook een tamelijk vlakke strook van ongeveer zestig kilometer breedte in het noorden van Bosnië behoort hiertoe. Water uit de oostelijke Alpen wordt naar deze laagvlakte gevoerd door de van west naar oost lopende Sava. Deze rivier vormt de noordelijke grens van Bosnië met Kroatië. Hij mondt bij Belgrado in de Donau uit.

De Dinarische Alpen bestaan in Bosnië grotendeels uit kalksteen. Dat gesteente is in de geologische tijdvakken Trias, Jura en Krijt (200 tot 65 miljoen jaar geleden) op de toenmalige zeebodem ontstaan als honderden meters dikke pakketten afzettingen van de kalkhoudende skeletten van ontelbare zeedieren en -diertjes. In het Tertiair (van 65 tot 2 miljoen jaar geleden) ontstonden de Alpen en alle andere hoge gebergteketens van de wereld. Centraal in de Alpen kwam de oorspronkelijke aardkorst (graniet) omhoog en de daarop liggende lagen kalksteen werden weggeschoven en afgevoerd door gletsjers en rivieren. Maar de randen van de Alpen, en ook de Dinarische Alpen, bestaan uit omhoog geperste kalksteenlagen.

Veel soorten kalksteen zijn keihard (denk aan marmer) en goed bestand tegen erosie. Maar kalksteen wordt langzaam opgelost door water; rivieren als de Vrbas, Neretva, Tara en Lim hebben spectaculaire kloven in het gebergte uitgeslepen, omringd door indrukwekkende, steile rotspartijen. Vanuit menselijk standpunt bezien heeft kalksteen voor- en nadelen. De kalk is een belangrijke voedingsstof voor planten, maar je moet er niet teveel van hebben. De flora van kalksteenbodem en -rotsen is bijzonder veelvormig en interessant. Al deze planten hebben aanpassingen om met de overmaat aan kalk om te gaan. Naast orchideeën voelen veel kruidige en aromatisch planten zich erg goed thuis op kalk. Verder vormt kalksteen via verwering een vruchtbaar soort (meestal rode) aarde, die geschikt voor landbouw is. Nadeel van kalkrotsen is hun sterke doorlaatbaarheid voor water. Hierdoor wordt een groot deel van het regenwater ondergronds afgevoerd, zonder aan de teelt van gewassen ten goede te komen. Het water dat wel in de vorm van rivieren oppervlakkig afstroomt vormt kloven, en er ontstaan dus weinig zacht glooiende, van water voorziene landbouwgronden. Daar, waar vrijwel al het regenwater door de kalksteen heen de grond in sijpelt ontstaat een karstlandschap.

Karst

Het verschijnsel ‘karst’ is voor het eerst beschreven voor de regio Kras (toenmalige Duitse naam: Karst) in Slovenië. Karstlandschappen vormen vijftien procent van het aardoppervlak en komen daar voor, waar gedurende tientallen miljoenen jaren zeeën hebben gelegen; op de zeebodem zijn in die tijd honderden meters dikke lagen kalksteen als sediment afgezet. Een dergelijke zee was in Zuid-Europa, Noord-Afrika en het Midden-Oosten aanwezig. In het Tertiair, dat 65 miljoen jaar geleden begon, werd de zeebodem opgeheven bij de vorming van de Alpen. Op de Balkan kwam veel kalksteen aan het oppervlak te liggen. Een bijzondere eigenschap van kalksteen is dat het zout waaruit het voornamelijk bestaat, calciumcarbonaat (CaCO3), in zuur oplost. Regenwater is licht zuur door de aanwezigheid van koolzuurgas (CO2) en kan in de loop van de tijd het gesteente uithollen. Zo ontstaan barsten, die door het water worden uitgediept, zodat een systeem van scheuren ontstaat. Hierdoor kunnen heel grillige oppervlakken ontstaan, met regelmatige patronen van spleten of gaten. Naarmate de karstvorming verder gaat legt steeds meer regenwater een deel van zijn weg onder het oppervlak af. Bestaande rivieren kunnen zo onder de grond verdwijnen en elders als bron weer verschijnen. Ondergronds kan het stromend water scheuren vergroten tot enorme holten, grotten. Een voorbeeld is de karstgrot Vjetrenica bij Trebinje. Over de bodem stromen riviertjes, het regenwater dat door het dak heen lekt vormt pegels van kalksteen: aan het dak hangende stalactieten en op de bodem staande stalagmieten. Sommige karstlandschappen hebben een vlakke bodem, maar onder de grond bevinden zich enorme aantallen grotten en rivieren. In de Dinarische Alpen werd het grotdak vaak zo ver uitgehold door het water, dat de grotten uiteindelijk instortten. Hierdoor ontstonden een voor dit type karst kenmerkende inzinkingen van het oppervlak van tientallen tot honderden meters doorsnede. Zo´n inzinking wordt een doline (dal of kloof) genoemd. Een reeks achter elkaar liggende dolines kan door de werking van het oppervlaktewater versmelten tot een langwerpige vlakte, een polje (veld). Poljes hebben een vlakke bodem, en steile vijftig tot honderd meter hoge wanden. Ze zijn langwerpig en hebben vaak een oppervlak van een paar honderd vierkante kilometer. Door de lage ligging is er vaak water beschikbaar, hoewel er meestal geen permanente rivier over het oppervlak stroomt. De niet opgeloste delen van de kalksteen zijn er bijeen gespoeld, zodat een redelijk dikke bodemlaag van rode aarde is ontstaan. Hierop is vaak landbouw mogelijk. In Bosnië-Herzegovina zijn karakteristieke poljes het Livanjsko Polje bij Livno en het Popovo Polje bij Trebinje.

Langs de Dalmatische kust rijzen de Dinarische Alpen steil omhoog, de kuststrook is hooguit enkele kilometers breed. Voor de zomergasten in de Kroatische badplaatsen zien ze er ongenaakbaar uit: heet, droog, steil en onbegroeid. Er is maar één enkele rivier die vanuit de Bosnisch-herzegovijnse bergen naar de Adriatische Zee afwatert: de Neretva. Aan haar bovenloop ligt Mostar. Deze rivier vormt diepe kloven, en vervolgens een naar de kust toe breder wordende laagvlakte. De rest van de afwatering van de Bosnische bergen vindt plaats via een aantal naar het noordoosten lopende rivieren, die uitmonden in de Sava. Van west naar oost zijn het de Una (met o.a. Bihac), de Vrbas (met Jajce en Banja Luka), de Bosna (met Sarajevo en Zenica) en helemaal in het oosten, de grens met Servië vormend, de Drina (met Goražde en Višegrad). Veel rivieren, ook de Neretva, zijn door middel van stuwdammen dienstbaar gemaakt aan de elektriciteitsopwekking.

Bijna zestig procent van Bosnië ligt hoger dan 700 meter. De hoogste toppen van de Dinarische Alpen in de noordelijke helft van het land zijn iets lager dan 2000 meter; ze liggen allemaal relatief dicht bij de westgrens en de Adriatische Zee. Ten zuiden van Sarajevo komen meerdere toppen boven de 2000 meter uit; de hoogste berg van Bosnië is de Maglic (2386 m), bij de grens met Montenegro. In noordoostelijke richting gaat het bergland over in een sterk bebost middengebergte, dat op zijn beurt de overgang vormt naar het dal van de Sava, waar een aantal moerasgebieden is.

Bodem en landgebruik

Vrijwel de hele zuidwestelijke grensstreek met Kroatië, een zone van vijftig kilometer breed tussen Bihac in het noorden en de Montenegrijnse grens, vormt een karstgebied. De enige onderbreking is het dal van de Neretva. Het land is kurkdroog door het poreuze karakter van het gesteente, en er is nauwelijks of helemaal geen bodem (laag aarde) gevormd. Van nature komt hier een lage steppe-achtige begroeiing, maar ook bos voor. Dit soort bodems maakt bijna de helft van het oppervlak van Bosnië uit. Er kunnen geen gewassen worden geteeld, alleen enige veeteelt (schapen) is mogelijk. De verbindingen met de kust zijn slecht door het ontbreken van rivierdalen. De bevolking is schaars en leidde vanouds een geïsoleerd bestaan. Meer naar het noordoosten ligt een bebost middengebergte, met talloze door kloven lopende riviertjes en beken. Hier is wel een redelijk dikke bodemlaag gevormd en marginale akkerbouw mogelijk, in de vorm van de teelt van rogge, haver, gerst en ook aardappelen; verder vindt men er weidegrond. Fruitteelt betreft vooral appels, peren, walnoten en pruimen. De opbrengsten zijn matig tot slecht, vanwege de aanwezigheid van hellingen, (waardoor machinegebruik onmogelijk is), gebrek aan water en natuurlijke meststoffen, en bodemverlies door erosie. Nog verder naar het noordoosten wordt het land minder bergachtig en zijn de condities voor de landbouw beter. Langs de Sava, helemaal in het noordoosten, vindt men vruchtbare, hoog productieve landbouwgronden. Een aparte vermelding verdienen de gronden in zuidelijk Herzegovina, waar het mediterrane klimaat de teelt van exotisch fruit zoals granaatappels, vijgen, citrusvruchten, maar ook tabak en druiven mogelijk maakt. Herzegovina is verder een belangrijke leverancier van perziken, abrikozen, aardbeien, pruimen en kersen.