In elke grote stad is een universiteit, in totaal zeven, hoewel de meeste maar een paar faculteiten hebben. De meeste studenten kiezen een technische of economische opleiding, omdat op dat gebied nog het meeste werk te vinden is. Het opleidingsniveau in Bosnië was in de communistische tijd relatief hoog. De laatste twintig jaar zijn de scholen en universiteiten echter niet meer gemoderniseerd, waardoor ze niet meer kunnen voldoen aan westerse maatstaven. Daar komt bij dat talentvolle jongeren op grote schaal naar het buitenland gaan; eerst vanwege de oorlog, nu vanwege de economische misère. Bosniërs in West-Europa en Noord-Amerika zijn vaak hoog opgeleid en hebben goede banen. Zij sturen vaak wel geld op of besteden het tijdens hun vakantie in Bosnië, maar hun kennis blijft in het buitenland. Hierdoor geniet de jongste generatie een slechtere opleiding en zo werkt de braindrain als een vicieuze cirkel.

De bekendste Bosnische wetenschapper is Vladimir Prelog (1906-1998), die in 1975 de Nobelprijs voor de Scheikunde ontving voor zijn onderzoek aan de synthese van organische moleculen en stereochemie. Zijn belangrijkste ontdekkingen deed hij in Zürich samen met Robert Cahn en Christopher Ingold. Andere bekende Bosnische wetenschappers zijn de wiskundigen Mahmut Bajraktarevic (1909-1985) en de in Amerika wonende amateurarcheoloog Semir Osmanagic, die beweert eeuwenoude piramides bij het stadje Visoko ontdekt te hebben. Die laatste wordt in de wetenschappelijke wereld niet serieus genomen.