De politiek in het nieuwe koninkrijk stond in het teken van rivaliteit tussen Belgrado en Zagreb. Terwijl de Kroaten een federalistische structuur voorstonden, voelden de Serven meer voor een unitaristische staatsvorm, die in de praktijk op Servische dominantie neerkwam. Dit was natuurlijk tegen het zere been van de Kroaten en leidde tot grote parlementaire conflicten. In de moslimgemeenschap bestond grote verdeeldheid over de vraag een centralistische of federalistische koers te volgen. De organisatie Gajret (Streven) ondersteunde openlijk het Servisch nationalisme, terwijl de belangrijkere Joegoslavische Moslimorganisatie (JMO) onder leiding van Mehmed Spaho een tussenpositie innam tussen het Kroatische federalisme en het Servische centralisme. Aan de ene kant wilde Spaho Bosnië als aparte entiteit bewaren, aan de andere kant was hij bang dat het uiteenvallen van Joegoslavië ook het einde van Bosnië en de moslimgemeenschap zou betekenen, omdat ze in Kroatië zouden worden ‘gekroatiseerd’ en in Servië ‘geserviseerd’.

De Kroatische voorvechter van het federalisme, Stjepan Radic, werd in 1928 in het vuur van het debat neergeschoten door een Servische parlementariër. In 1929 was de situatie zo chaotisch geworden, dat koning Aleksandar besloot het parlement te ontbinden en een dictatuur in te stellen. Om de eenwording van het ‘drienamige volk’ te bevorderen werd de officiële naam van de staat veranderd in koninkrijk Joegoslavië en er kwam een officiële regeringspartij, de Joegoslavische Nationale Partij (JNS). Het land werd verdeeld in negen ‘banaten’ (provincies), die niet overeenkwamen met de oude (etnische) grenzen. Voor het eerst sinds vierhonderd jaar was Bosnië-Herzegovina geen territoriale eenheid meer.

In de jaren dertig groeide de weerstand tegen de Servische dominantie binnen het koninkrijk. De Kroatische leider Vlatko Mecek – de opvolger van de vermoorde Radic – diende een resolutie in voor de terugkeer van de democratie en het einde van de Servische hegemonie. De moslims en Slovenen ondersteunden deze resolutie en het gevolg was, dat Mehmed Spaho samen met Mecek en de Sloveense leider gevangen werd gezet. Een jaar later werd koning Aleksandar vermoord in Marseille. De opvolger van Aleksandar, prins Pavle, probeerde de gemoederen te kalmeren en liet de politieke gevangenen weer vrij.

De dader van de moord op koning Aleksandar kwam uit de kringen van de Ustaša, een fascistische organisatie die pleitte voor een onafhankelijk Kroatië. De leider van de Ustaša, Ante Pavelic, opereerde vanuit Italië met steun van Mussolini. Er werd nog een laatste poging ondernomen het land bij elkaar te houden. Mecek eiste dat de Kroatische gebieden, inclusief grote delen van Bosnië een autonome status zouden krijgen. Prins Pavle voelde aanvankelijk niets voor deze constructie, maar in augustus 1939 kwam er toch een Kroatisch gebied, zij het in een wat afgeslankte vorm.

De leider van de moslims, Mehmed Spaho, stierf tijdens de kritische fase van de onderhandelingen in 1939. Zijn opvolger Džafer Kulenovic wilde een autonoom Bosnisch banaat, maar die eis werd niet ingewilligd. De onderhandelingen waren nog gaande toen Adolf Hitler’s troepen voor de deur kwamen te staan, door de Anschluß van Oostenrijk. De Italiaanse bezetting van Griekenland en het toetreden tot de as-mogendheden van Bulgarije en Hongarije maakte de omsingeling van Joegoslavië bijna compleet. Prins Pavle realiseerde zich dat Groot-Brittannië niet in staat zou zijn te hulp te schieten en besloot daarom zelf het as-pact te ondertekenen, op 25 maart 1941. Bij de terugkeer van de Joegoslavische delegatie werd prins Pavle afgezet en vervangen door de nog jonge Petar. Die vormde een nieuwe regering van nationale eenheid. Hoewel deze regering wilde blijven onderhandelen met de Duitsers, werd Belgrado enkele dagen later gebombardeerd en vielen Duitse, Bulgaarse, Hongaarse en Italiaanse troepen Joegoslavië binnen. Elf dagen later capituleerde het land. De koning vluchtte naar het buitenland en het land viel uit elkaar.