Maar het werd al moeilijker om de Indianen ervan te overtuigen dat zij moesten breken met allerlei gewoonten zoals gevangen genomen tegenstanders ritueel roosteren en opeten. En dan was daar nog altijd als laatste obstakel, de inlandse tovenaar, die waarzegger is, profeet, medicijnman en vooral de behoeder der traditie.

De Indianen konden niet ingepast worden in de koloniale plannen omdat zij ongeschikt bleken voor de zware arbeid op de suikerplantages. Dat leverde ernstige botsingen op in de kustgebieden waar deze plantages lagen. Elders wordt daar uitvoeriger op ingegaan. Ook de bandeirantes die het westen van Centraal-Brazilië veroverden kwamen in conflict met de aldaar wonende Indianen en hebben dezen in het gunstigste geval verjaagd.

Bescherming werd geboden door de jezuïeten die de Indianen in een soort christelijke kibboets onderbrachten en daar zorgden voor veiligheid en onderwijs. Dergelijke onderkomens zijn nu nog te zien in de Amazonas en vooral in Rio Grande do Sul. Later stimuleerde de koloniale overheid huwelijken tussen Portugezen en Indianen en was zelfs de taal van de Tupi-Indianen lange tijd officieel de tweede taal van het land. Nog later richtte de Braziliaanse overheid reservaten in waar de Indianen redelijk ongestoord zouden kunnen leven. Dit werd gedaan vanuit de overtuiging dat Brazilië ruimte moet bieden aan alle rassen en culturen en in het geloof dat een ontmoeting van velerlei culturen stimulerend en vitaliserend werkt.

Op deze website zal men daar inderdaad vele voorbeelden van zien, maar er is een ernstige uitzondering, namelijk de Indianen. Deze oorspronkelijke bewoners van Brazilië konden zich niet verweren en kunnen zich niet staande houden, ook niet met behulp van protectionistische maatregelen. De confrontatie van culturen pakte altijd in het nadeel van de Indianen uit. Bij ontmoetingen met anderen namen ze allerlei ziekten over met dodelijke gevolgen (verkoudheid, mazelen, syfilis). In de dorpen waren ze een makkelijke prooi voor plunderende troepen en in de reservaten leven ze als primitieve mensen verder zonder enig verweer tegen de moderne invloeden.

De enige overlevingskans voor de Indianen lijkt te liggen in het opgaan in de omringende cultuur, zowel economisch als godsdienstig. Er is een groot verschil tussen deze Indianenstammen en de nakomelingen van de negerslaven. De negers hebben hun eigen cultuur wel kunnen bewaren en dat bepaalt ook duidelijk de Braziliaanse cultuur en zelfs de christelijke traditie in Brazilië. Het enige wat de Brazilianen van de Indianen hebben overgenomen is de hangmat en enkele kookkunstideeën. Maar een eigen cultuur, door en voor de Indianen zelf, met een inspirerende uitstraling naar de rest van het Braziliaanse volk, lijkt zich niet staande te kunnen houden.