Rond het midden van de negende eeuw kreeg de familie (clan) Fujiwara steeds meer politieke macht; haar leden werden de erfelijke raadslieden van de keizer. In feite waren de keizers niet meer dan stromannen en oefenden de Fujiwara's de feitelijke politieke macht uit. Doordat de Fujiwara's trouwden met leden van de keizerlijke familie, werden de banden tussen beide families zeer sterk, met als gevolg dat de Fujiwaraclan circa 300 jaar lang achter de schermen de macht vasthield in Japan. Aan het eind van de negende eeuw werden de banden met China verbroken en kon zich, mede door de invloed van de Tendai- en Shingon¬sekte, een eigen Japanse cultuur ontwikkelen.

Aan het hof ontwierp men een eigen geschreven taal, het hiragana en katakana. Beroemd werd het boek 'De geschiedenis van Genji', geschreven door de hofdame Shikibu Murasaki. Ook op het gebied van schilderkunst, bouwkunst en architectuur verkreeg de Japanse cultuur een eigen identiteit. Men sprak dan ook over de Gouden Eeuw. Het Heian-tijdperk werd echter ook gekenmerkt door clan-oorlogen, vooral in de afgelegen provincies waar de leidinggevende families een erkende militaire klasse vormden. Een aantal van deze krijgersfamilies sloot een verbond met de Fujiwaraclan, die alleen op deze wijze zijn tanende macht kon behouden. Toch ontstond er in de loop der tijd een splitsing tussen de machthebbers in Kyoto en de militaire clans.

De Minamotoclan en de Tairaclan

In de twaalfde eeuw werden de Minamotoclan en de Tairaclan namelijk betrokken bij een ruzie tussen verschillende leden van de Fujiwaraclan. Vervolgens pakten de Taira's tijdelijk de macht. In 1185 namen de Minamoto's wraak. Tijdens een episch gevecht op de Binnenzee in de zeestraat bij Shimonoseki (de zeeslag van Dannawara) leden de Taira's een gevoelige nederlaag. Minamoto Yoritomo werd oppermachtig in Japan en in 1192 liet Yoritomo zich door keizer Gotoba uitroepen tot militair heerser (shogun).