Nadat in 1964 de republiek Kenia was uitgeroepen bleek Kenyatta de man die blank en zwart bij elkaar kon brengen. De blanken moesten hun bezittingen weliswaar overdragen aan de zwarte bevolking, maar werden ruimschoots schadeloos gesteld, een schadeloosstelling die overigens uit de zakken van de Britse overheid kwam. Kenyatta (letterlijk: ‘man van het volk’) was bij alle partijen zeer geliefd en het kostte hem weinig moeite van Kenia een eenpartijstaat te maken, de KADU sloot zich aan bij de KANU. Dat duurde echter maar kort want er ontstond een nieuwe oppositiepartij: de Kenya Peoples Union (KPU). De naam duidt er al op dat er opnieuw volkeren waren die bang waren achtergesteld te worden. De partij werd opgericht door Oginga Odinga, de afgezette vice-president die zich verzette tegen de herverdeling van het land waarbij de Kikuyu duidelijk bevoordeeld werden. Odinga kreeg steun van dertig parlementsleden, maar ook hen werd hun zetel ontnomen, zes van hen werden zelfs gevangengezet. Het dieptepunt van de tegenstellingen werd gevormd door de moord op de populaire Luo-leider Tom Mboya door een Kikuyu aanhanger.

De zaak liep volledig uit de hand toen Kenyatta, zelf Kikuyu, in een poging verzoening tot stand te brengen, een bezoek bracht aan Kisumu, de hoofdstad van het Luo-gebied. In 1971 keerde de rust terug nadat de gearresteerde KPU-leden waren vrijgelaten. Odinga werd verzocht terug te keren in de KANU-gelederen. Hij werd als oppositieleider opgevolgd door Kariuki die in 1975 werd vermoord hetgeen opnieuw tot grote interne spanningen leidde. De gelederen sloten zich pas weer toen in 1976 Idi Amin, de Oegandese dictator, een deel van West-Kenia opeiste als genoegdoening voor het feit dat Kenia gastvrijheid had verleend aan de Israëlische militairen die een einde maakten aan de vliegtuigkaping in Entebbe en de gijzelaars uit handen van de Oegandezen wisten te bevrijden.

In 1977 viel de East African Community, een in 1967 gesloten samenwerkingsverband tussen Kenia, Tanzania en Oeganda uiteen. Men kon het echter niet eens worden over de verdeling van de gezamenlijke bezittingen en Kenia sloot de grenzen met Tanzania. De luchtvaartmaatschappij van de drie landen (East African Airways) werd het grote struikelblok en Kenia maakte zich meester van de gehele vloot. Pas na veel onderhandelingen werd een deel van de vliegtuigen aan Tanzania teruggegeven, Oeganda kreeg niets.

Op 22 augustus 1978 overleed Jomo Kenyatta op 86-jarige leeftijd. De laatste jaren van zijn leven werd hij ‘Mzee’ genoemd: ‘oude man’. Tijdens zijn leven wees hij zijn opvolger aan. Bij gebrek aan zonen (Kenyatta had een dochter, Margaret en het was in die tijd ondenkbaar dat een vrouw in Afrika staatshoofd werd) viel zijn keus op zijn vertrouweling Daniël arap Moi. Het feit dat Kenia, in vergelijking met de omliggende landen een welvarende staat was, mag worden toegeschreven aan Jomo Kenyatta, die kans zag om de eerste vijftien jaren van onafhankelijkheid tot een redelijk einde te brengen en daarbij de (financiële) steun en sympathie van zowel Amerika als van de landen in West-Europa verwierf.

Tientallen genodigden van koninklijke huizen, presidenten en regeringsrepresentanten woonden zijn begrafenis op 31 augustus bij. Voor de buitenwereld was hij erin geslaagd om van Kenia een politiek stabiele staat te maken. In eigen land werd en wordt hij gezien als de ‘vader des vaderlands’ en overal in het land zult u zijn naam in memoriam tegenkomen.