Om te beginnen verdwenen bijna alle militairen in krijgsgevangenschap, Europese burgers werden geïnterneerd. Veel militairen zouden gebruikt worden als arbeiders bij de aanleg van de beruchte Birma-spoorweg en daarbij het leven laten. Tamils en Maleiers werden door de Japanners onder valse voorwendselen gerecruteerd om te werken in de bezette gebieden. Eenmaal ter plaatse werden ze gereduceerd tot slavenarbeiders. Duizenden van hen kwamen om. Rubber, tin en palmolie, de voornaamste producten van het schiereiland, werden hoofdzakelijk naar de Verenigde Staten en in mindere mate naar Europa geëxporteerd. Die afzetgebieden waren als gevolg van de oorlog onbereikbaar geworden en Japan was niet in staat de volledige productie aan te kopen. Daardoor ging de economie van het gebied spoedig kopje onder. De mensen die werkzaam waren op de plantages en in de mijnen waren niet langer in staat om in hun onderhoud te voorzien.

Het hardst had de Chinese bevolking te lijden onder de bezetting. De Japanners gingen ervan uit dat zij de vijand waren en aan de kant van de Britten stonden. Sinds 1937 waren Japan en China immers in een oorlog verwikkeld. Veel Chinezen werden genadeloos omgebracht. Deels om hun eigen hachje te redden trokken velen van hen zich terug in de jungle en vormden daar een communistisch geïnspireerd verzetsleger: Malaysian People’s Anti-Japanese Army (MPAJA). Zij waren niet het enige, maar wel het belangrijkste verzet. Met het vallen van de atoombommen op Hiroshima en Nagasaki kwam in augustus 1945 een abrupt einde aan de Tweede Wereldoorlog. Japan gaf zich onvoorwaardelijk over.