Op 1 april 1948 werd de Maleise federatie opgericht, een federatie die bestond uit de verschillende sultanaten. Een van de eerste problemen voor de jonge staat kwam van binnen uit. Het voormalige verzet, voornamelijk bestaande uit mensen van Chinese komaf, die ook nog eens inspiratie hadden gezocht bij de communisten in hun vaderland, wensten een republiek. Ze hadden een organisatie en ze waren in het bezit van wapens. Dus trokken ze zich opnieuw terug in de jungle en begonnen een guerrilla onder leiding van hun voormalige oorlogsleider Chin Peng. Deze periode, bekend als The emergency, begon in 1948 en eindigde in 1960.

Ook de andere bevolkingsgroepen hadden na de oorlog politieke partijen opgericht: de Malayan Chinese Association (MCA) en de Malayan Indian Congress (MIC). In 1954 vormden de UMNO, de MCA en de MIC een alliantie (Barisan Nasional) die tot op de dag van vandaag voortduurt. Onder leiding van Tunku Abdul Rahman, een zoon van de sultan van Kedah, verwierf Malaya op 31 augus-tus 1957 de onafhankelijkheid. Hij werd de eerste premier van de jonge staat. De sultans mochten uit hun midden een koning kiezen voor een periode van 5 jaar. De keuze viel op sultan Tuanku Abdul Rahman van Negeri Sembilan, hij werd de eerste Yang di Pertuan Agong (koning) van het onafhankelijke Malaya.