Voor jager op groot wild, avonturier en ontdekkingsreiziger Samuel Baker lag dat anders. Hij liet zich, samen met zijn vrouw die hem op zijn tochten vergezelde, door de koning en diens afgezanten verwennen. Hij doorkruiste het land als een vorst en stond als eerste Europeaan aan de oevers van Lake Mwatanzige. Om de goodwill in Groot-Brittannië op peil te houden gaf hij het meer zijn huidige naam: Lake Albert. Door zijn handel en wandel haalde hij echter de woede van de koning op zijn hals, die wel veel energie stopte in zijn relatie met Europa, maar er niets voor terug ontving. Na een jaar moest Baker het dan ook voor gezien houden, de omakuma duldde hem niet langer in zijn rijk. De uitzetting van Baker zou echter grote gevolgen hebben voor het land. In feite betekende het de aanzet tot kolonisatie van het land door de Britten.

Kamurazi overleed in 1869 en werd opgevolgd door omakuma Kabalega, volgens ingewijden de belangrijkste vorst die ooit de scepter zwaaide over het Bunyororijk. Hij organiseerde en democratiseerde het landsbestuur tot in de details en moderniseerde het leger. Dat stelde hem in staat om de terugkeer van de met wrok vervulde (en inmiddels tot ‘Sir’ geslagen) Samuel Baker tot een uiterst korte aangelegenheid te maken. Deze was bezig om met Egyptische hulp de boorden van de Nijl onder bestuur van Groot-Brittannië te brengen. Hoewel Kabalega erin slaagde om in korte tijd Baker te verdrijven, daarbij geholpen door de opstand in Soedan en de binnenlandse onlusten in Egypte, de geschiedenis leert dat hij er op termijn niet in slaagde om de Europeanen buiten de deur te houden. Hij slaagde er echter wel in om belangrijke delen van het vroegere Bunyororijk weer terug te veroveren.

In de sporen van de handelskaravanen reisden ook ontdekkingsreizigers en avonturiers naar Uganda. Grant en Speke deden belangrijke ontdekkingen en Speke slaagde er zelfs in om de oorsprong van de Nijl te ontdekken. Later volgden missionarissen die aanvankelijk aanmerkelijk minder succesvol waren dan de ontdekkingsreizigers. Op de plaats nabij Entebbe waar de eerste missionarissen voet op Ugandese bodem zetten, staat een gedenkteken. Later werd er een kerk gebouwd die nog steeds voor de erediensten van de rooms-katholieken gebruikt wordt. Veel gelovigen bezoeken de plaats als een soort bedevaart.

Tussen 1880 en 1890 volgden vele kolonisten de door de handelskaravanen platgetreden paden. Onder hen waren vele avonturiers die hoopten binnen korte tijd schatrijk uit het land terug te keren. Goud en ivoor waren de belangrijkste objecten voor deze lieden die geweld tegen de inwoners van Uganda niet uit de weg gingen. Schermutselingen bleven dan ook niet uit en Groot-Brittannië zag zijn kans schoon. De Britten boden de Ugandezen ‘bescherming’ en Uganda werd een Brits protectoraat.

Het heeft weinig gescheeld of Uganda was een provincie van Egypte geworden. Al sinds de tijd van de farao’s streefden de Egyptenaren ernaar om absolute macht uit te oefenen over het gehele stroomgebied van de Nijl. Dat had er al toe geleid dat Soedan sinds de jaren twintig van de 19e eeuw aan Egypte onderworpen was. Toen Speke dan ook de oorsprong van de Nijl ontdekte maakte Egypte zich op om ook het laatste stukje van de rivier onder controle te krijgen. Zover kwam het echter niet. Soedan kwam in opstand tegen het Egyptische gezag en verdreef de bezetters uit het land. Daardoor was het uitgesloten dat de Egyptenaren Uganda bereikten. Bovendien hadden ze andere zorgen aan hun hoofd, in 1881 kwam Egypte onder Brits bestuur.