Interne conflicten in het Spaanse kamp verhinderden de verovering van de rest van Gran Canaria, tot ergernis van Fernando en Isabella. Zij stuurden Pedro de Vera om orde op zaken te stellen. Deze Pedro wist het dappere verzet van de inlanders te breken door leider Doramas te doden.

Tenesor Semidan, de andere guanarteme (van Gáldar), gaf zich over en werd naar Spanje gestuurd. Na zijn ‘heropvoeding’ werd hij gedoopt en keerde terug naar zijn vaderland met een nieuwe naam: Don Fernando Guanarteme. In zijn nieuwe hoedanigheid hielp hij de Spanjaarden het eiland definitief in handen te krijgen. Het laatste Canarische dorp viel in 1488.

De Vera voerde een despotisch bewind en maakte fortuin in de slavenhandel. Hiervan kreeg het Spaanse koningshuis lucht waarna De Vera werd vervangen door Alonso Fernández de Lugo die eerder ook had deelgenomen aan de bezetting van het eiland. Een paar jaar later wist De Lugo vanuit Gran Canaria ook La Palma en Tenerife te veroveren.

Intussen kreeg Spanje officieel zeggenschap over de Canarische Eilanden onder het Verdrag van Alcáçovas (1479). De Azoren, Madera en Kaapverdië kwamen onder buurland en aartsvijand Portugal. Na de Spaanse bezetting hielden de conquistadores de oorspronkelijke bevolking, in hun ogen minderwaardige heidenen, stevig onder de duim. Een deel van de overwonnen Guanchen werd weggevoerd als slaaf.

Degenen die achterbleven hadden weinig zeggenschap meer over hun leven. Hun land raakten ze kwijt aan de Spaanse adel, militairen en de kerk en velen bezweken aan Europese ziektes waartegen de Guanchen geen weerstand hadden. Wie verstandig was nam een Spaanse naam aan en accepteerde het katholieke geloof als enige ware. Dit gaf de Guanchen enige bescherming binnen het strikt feodale systeem dat de Spanjaarden hun hadden opgelegd.

Een deel van de Guanchen trok zich terug in de bergen, waar hun taal en gewoonten tot rond 1900 standhielden terwijl in de lagere gebieden de oude cultuur al snel was opgegaan in de dominante Spaans-Canarische. Wat bleef zijn het basisvoedsel gofio, bepaalde agrarische tradities en gereedschap, een paar feesten, veel geografische namen, juego del palo (stokgevecht) en lucha Canaria, het populaire Canarisch worstelen. Zelfs het kleinste dorp heeft een eigen worstelteam. Ook de Canarische manier van spreken en bepaalde uiterlijke kenmerken van de eilandbewoners zouden terug te voeren zijn op de Guanchen.

De Spanjaarden van weleer zetten de geschreven geschiedenis geheel naar hun hand om zo de minder fraaie kanten van het koloniale tijdperk (slavernij, inquisitie) te verhullen. Pas in de loop van de twintigste eeuw kwam het onderzoek op gang naar de ‘ware’ geschiedenis van de Canarische Eilanden.