Na een half uur varen stroomafwaarts passeer je Caño Bartola. Hier begint het Gran Reserva Río Indio Maíz met zijn boomachtige varens en lianen. Na de drie raudales begint het gebied van de zandbanken en moerassen, schildpadden en iguanas. De rivieren San Carlos en even verderop Sarapiquí ontspringen in Costa Rica en monden uit in de San Juan. Via deze ‘kanalen’ proberen regelmatig Nicaraguanen de grens over te steken naar hun rijkere buurland. Ongeveer twintig kilometer na Río Sarapiquí ligt de Delta del San Juan. Hier buigt de rivier naar rechts af in de Costa Ricaanse Río Colorado en naar links in de Sanjuanillo. Uiteindelijk komen de rivieren San Juan en Indio samen in Laguna de San Juan del Norte. Hier zie je de restanten van een oude stoombaggeraar. Deze is gebruikt tijdens een van de mislukte pogingen om een kanaal te graven tussen de Atlantische en Pacifische Oceaan.