Anarchie tijdens de oorlog en geldgebrek en armoede erna hebben geleid tot verdere milieuvernietiging, in de vorm van bosbranden en ongecontroleerde houtkap voor de brandhoutvoorziening, niet alleen van het platteland, maar ook van de steden. De jacht is nog steeds niet goed gereguleerd en richt veel schade aan. In de oorlog is het land bezaaid geraakt met enorme aantallen mijnen. Er vallen jaarlijks dodelijke slachtoffers onder de bevolking. Voor de hiker en de natuurliefhebber betekent dit een beperking van de actieradius, want gebieden met mijnen en gebieden met gebrek aan informatie over mijnen dienen strikt gemeden te worden.

Inmiddels zijn vorderingen gemaakt met het verbeteren van de lucht- en waterkwaliteit door sluiting van de meest vervuilende complexen, en het ruimen van mijnen. Er worden pogingen ondernomen, vaak met steun van de Europese Unie of de Verenigde Staten, om de natuurlijke rijkdommen in kaart te brengen en onder wettelijke bescherming te plaatsen. Bosnië heeft tot nu toe maar een zeer klein deel van zijn oppervlak beschermd in nationale parken, en uitbreiding wordt voorbereid. Een probleem hierbij is de moeizame samenwerking tussen de autoriteiten van de Servische en Bosnjaks-Kroatische entiteiten. De ontwikkeling van ecotoerisme, een manier om inkomen uit de natuur te genereren voor de lokale bevolking, staat nog in de kinderschoenen.