Ondertussen bezette Israël, bezorgd over de toenemende aanvallen van Egyptische terroristen (fedayien) en het sluiten van een nieuwe militaire overeenkomst tussen Egypte, Syrië en Jordanië, het Sinaï-schiereiland en de Gazastrook. In het begin van 1957 trokken de Israëlische troepen zich terug. Veiligheidstroepen van de V.N. werden tussen de strijdende partijen geplaatst. Sinds de Suez-crisis maakte het Midden-Oosten deel uit van het strijdgebied van de ‘koude oorlog’. De Sovjetunie beschermde Egypte en Syrië, terwijl Israël op de steun van de Verenigde Staten van Noord-Amerika kon rekenen. Langzaam maar zeker nam de spanning in het gebied toe. Op 22 mei 1967 blokkeerde de Egyptische marine wederom de Golf van Akaba, waardoor de Israëlische oliehaven Eilat onbereikbaar werd voor het scheepsverkeer. Bovendien werd de in de Sinaïwoestijn gelegerde vredesmacht van de Verenigde Naties door Egypte gesommeerd te verdwijnen. Aan het andere front beschoten Syrische troepen vanaf de Golanhoogte met grote regelmaat Israëlische kibboetsiem. Op 5 juni 1967 besloot Israël niet langer af te wachten en deelde de eerste militaire klap uit. De Israëlische luchtmacht vernietigde binnen 48 uur bijna de gehele luchtmacht van Egypte, Syrië en Jordanië. Het tot dan toe door Jordanië bestuurde Oost-Jeruzalem viel na 47 uur in Israëlische handen. Na drie dagen capituleerde koning Hoessein van Jordanië en was de ‘Westbank’ (ofwel Samaria en Judea, zoals het gebied in Israël genoemd wordt) veroverd. Deze verovering loste een belangrijk strategisch probleem op, omdat de grens met Jordanië nu een stuk korter en dus gemakkelijker verdedigbaar was. Bovendien was Israëls grondgebied voor de Zesdaagse Oorlog tussen Tel Aviv en Nahariya nauwelijks breder dan 20 km. Hierdoor bestond immer het gevaar dat het grondgebied van Israël tijdens een oorlog in tweeën gespleten zou worden, met alle militaire transport- en verbindingsproblemen van dien. Tegelijkertijd verschenen de Israëlische troepen aan de oever van het Suezkanaal en werd de Sinaïwoestijn bezet. Weer drie dagen later zwegen ook de wapens aan het Syrische front en hadden de Israëliërs de strategisch belangrijke Golanhoogte stevig in handen. Na afloop van de vijandelijkheden kwam het helaas niet tot een vredesverdrag. Israël verklaarde bereid te zijn bezet gebied te ontruimen in ruil voor ondubbelzinnige erkenning van de joodse staat. De Arabische Liga, in augustus 1967 bijeen te Chartoem in Soedan, besloot echter niet te onderhandelen en Israël niet te erkennen. Daarop sprak de Veiligheidsraad van de Verenigde Naties in de befaamde resolutie 242 onder meer uit dat de Israëlische strijdkrachten zich uit bezette gebieden moest terugtrekken en dat alle staten in de regio het recht hebben in vrede te leven binnen veilige en erkende grenzen. Ook diende er een rechtvaardige regeling voor het vluchtelingenvraagstuk tot stand te komen (resolutie 242, 22 november 1967). De Arabisch-Palestijnse bevrijdingsorganisaties El Fatah, El Saika, het Volksfront voor de Bevrijding van Palestina en het Arabisch Bevrijdingsfront gingen hun krachten bundelen in de PLO, onder leiding van Yasser Arafat. Door afschuwelijke aanslagen tegen joden kwamen zij internationaal in het centrum van de belangstelling te staan. Zij vonden veel aanhangers in de door Israël bezette gebieden. Door de Zesdaagse Oorlog was Israël een bezettende macht geworden die de Palestijnse bevolking van de westelijke Jordaanoever en de Gazastrook met geweld in bedwang moest houden. Dit waren juist gebieden waar veel Palestijnse vluchtelingen na de onafhankelijkheidsoorlog van 1948 naar toe waren gevlucht. Israël haalde hiermee als het ware ‘het paard van Troje’ binnen zijn grenzen. De omstreden bezettingspolitiek en het nederzettingenbeleid droegen er tevens toe bij dat veel Palestijnen het gevoel kregen dat het gebied ‘verjoodst’ werd, hetgeen hun verzet en daarmee de populariteit van de PLO deed toenemen. Veel Arabische staten waren minder gelukkig met het gedrag van de PLO, met name koning Hoessein van Jordanië raakte met de PLO in conflict. De PLO ging zich namelijk steeds meer als een staat binnen een staat gedragen. Acties van het Jordaanse leger zorgden ervoor dat de PLO haar werkterrein voornamelijk naar Libanon verplaatste. Ondertussen bleef de PLO een koers varen die gericht was op de opheffing van Israël en de bevrijding van de westelijke Jordaanoever en de Gazastrook.