Een jaar na de oprichting van de KAU keerde Jomo Kenyatta terug naar Kenia en werd tot leider van de KAU gekozen, de politieke groepering die door de Britten op het wereldtoneel werd vereenzelvigd met de Mau-Mau.

Op 20 oktober 1952 werd door de Britse regering de noodtoestand in Kenia uitgeroepen en de KAU-leiders onder wie Jomo Kenyatta gearresteerd. Hij werd in 1953 veroordeeld tot 7 jaar dwangarbeid. Mede als gevolg daarvan kwam het verzet tot leven en kwam het tot hevige botsingen tussen de bevolking en de blanke kolonisten. De Mau-Mau kwam openlijk in opstand, veestapels en kolonisten werden afgeslacht. Deze gruweldaden werden breed uitgemeten in de wereldpers, maar het feit dat gedurende de opstand, die van 1953 tot 1956 duurde, tegenover de 95 gedode Europeanen meer dan 13.000 Afrikanen werden omgebracht, haalde de plaatselijke pers nauwelijks. Daarnaast werden er nog eens 20.000 Afrikanen gevangengezet onder verdenking deel uit te maken van een terreurorganisatie.

De opstand werd dus bloedig neergeslagen, het eigenlijke doel werd niet bereikt, maar de guerrilla-activiteiten duurden voort tot 1959. Onder de blanke boeren in Kenia brak een vorm van paniek uit en velen van hen verlieten het land om zich elders in Afrika te vestigen of keerden naar Groot-Brittannië terug. De leden van de Mau-Mau trokken zich terug in bergachtige streken zoals het Aberdare gebergte en de streken rond Mt. Kenya. Vandaar voerden ze overvallen uit op blanken en boerderijen, vooral gericht tegen de Kenianen, blank en zwart, die de zijde van de regering gekozen hadden.

Een doorbraak kwam in 1958 toen de zogenaamde Lenox-Boyd grondwet in werking werd gesteld. Hierin werd bepaald dat de Afrikanen zestien zetels in het parlement zouden gaan bezetten. Het directe gevolg hiervan was dat er politieke partijen werden opgericht. Deze richtten zich niet in de eerste plaats op de toekomstige politiek maar, omdat de beoogde toekomstige leiders in de gevangenis zaten, eiste men de vrijlating van Kenyatta en de overige KAU-leiders en -leden. Pas in 1960 leidde dit echter tot daadwerkelijke onderhandelingen met de Afrikanen nadat de noodtoestand was opgeheven. Het aantal Afrikaanse zetels in het parlement werd uitgebreid tot 33, er kwamen vier zwarte ministers.